I vendosur në fund të gadishullit të Ksamilit. Butroti duket sot si i izoluar, por afersia me ngushticën e Korkyrës e bënte atë një qendër të privilegjuar pranë njërës nga rrugët më të rëndësishme detare të antikitetit. Butroti ishte njëkohësisht edhe qendra e koinonit të prasaibëve (163- 44 p. Kr.), pjesë e krahinës epirote të Kaonisë.
Straboni (VH, 7, 5) na informon se liqeni quhej Pelodes dhe kepi pranë Butrintit, Poseidon.
Eneida e Virgjilit tregon për praninë e Andromakës, e veja e Hektorit, e kthyer në robinjë të Akilit, pastaj e birit të tij Neoptolemit - Pirros, që e çon atë deri në vendin e Kaonëve, në të njëjtën kohë me Helenin, i biri i Priamit; ky i fundit martohet me Andromakën, pas vdekjes së Neoptolemit në sanktaurin e Delfit. Pikërisht në Butrot Eneu dhe shokët e tij takojnë Andromakën, e lumturuar ngaqë takoi bashkëpatriotët e saj që kishin shpëtuar nga shkatërrimi i Trojës. Këto tema kanë qenë evokuar që në shekullin e V në Andromakën e Euripidit, por pa lokalizim të saktë në brigjet e detit Jon.
Përtej këtij rrëfimi legjendar për një prani trojane në Butrot, historia duket se fillon në këtë qytet me vendosjen aty të korkyrasve, që dëshironin të siguronin kontrollin e të dy brigjeve të kanalit të ngushtë, midis ishullit dhe kontinentit që ngushtohet deri në 2,5 km në vendndodhjen e Butrotit. Gërmimet arkeologjike të bëra në pjesën e sipërme të kodrës dëshmojnë për një prani korkyrase në kontinent, sikurse edhe më në jug, në Greqinë e sotme. Kjo prani korkyrase vazhdon nga shekulli i VII deri në fund të shekullit të V, kur një luftë civile e shkatërron Korkyrën në kohën e luftës së Peloponezit, duke shkaktuar një seri masakrash të aristokratëve, dhe në raste të tjera, të anës kundërshtare, demokratëve. Në fillim të shekullit të IV, Butroti kalon nën kontrollin e kaonëve, në kufijt midis Tesprotisë dhe Kaonisë, dhe qyteti përjeton të njëjtat zhvillime institucionale sikurse bashkësia e kaonëve, në fillim i pavarur, pastaj i bashkuar, jo më vonë se nga fillimi i mbretërimit të Pirros (297 - 272), në shtetin epirot, në të cilin mbretëron dinastia e Ajakidëve. Pas vdekjes së Deidamesë në Ambraki në vitin 232, koinoni i epirotëve bashkon në përbërjen e vet dy tërësi: atë të molosëve dhe atë të kaonëve, deri më 170; këtë vit ky shtet federal shpërbëhet. Kaonët zgjedhin aleancën me Romën, ndërsa magistratët molosë i mbeten besnikë aleancës maqedone.
Tirania e Karopsit të Ri shkakton një ndarje të re në këtë bashkësi; në vitin 163 konsulli Tiberius Sempronius Gracchus ndërhyn te kammanojt (sipas Polibit, XXXI, 1), banorë të Kestrinës, me siguri për t’u lejuar popullsive që jetonin përrreth Butrotit të dilnin pa dhunë nga bashkësia e kaonëve për të krijuar Koinonin e Prasaibëve. Kjo bashkësi është bërë e njohur në sajë të një materiali të pasur mbishkrimor që na ka dhënë kjo qendër arkeologjike. Ky shtet ekziston midis viteve 163 dhe 44 para Krishtit; institucionet e tij janë të njëjta me ato të Koinonit të epirotëve nga i cili ai ka dalë, me një strateg të prasaibëve si eponim, një prostat, një Asamble të popullit ose Eklesia, një Këshill ose Buleja. Bashkësia e Prasaibëve nuk ka në përbërjen e vet vetëm popullsi kaone; disa etni molose (si Kyestoit) dhe tesprote (Opatoi-Opatai-t) bëjnë pjesë në shtetin e ri, sikurse edhe etni të njohura më parë si kaone (si Massaneoi-t). Koinoni i Prasaibëve bashkon popullsi që kanë qenë në përbëije të tri ansambleve që kanë formuar Epirin, dhe që janë fqinjë në krahinën e Kestrinës dhe të luginës së mesme të lumit Thiamis. Territori i tij nuk është shumë i gjerë, sepse e gjithë krahina qendrore e pellgut të Bistricës, përreth Foinikes u mbetet kaonëve, sikurse dhe pellgu i Drinos përreth Antigonesë. Në këtë sipërfaqe të vogël ndeshen një numër i madh etnikonesh lokale (rreth 85), gjë që do të thotë se secili prej tyre i takon një grupi shumë të vogël banorësh, të një lagjeje ose të një familjeje të zgjeruar.
Po kështu, mbishkrimet e gjetura në Butrot (218), dhe pikërisht aktet dhe listat e lirimeve të skllevërve, hedhin dritë mbi organizimin e shoqërisë. Janë rreth 600 skllevër që fitojnë lirinë pranë sanktuarit të Asklepit ose atij të Zeusit Soter, midis viteve 230 dhe 44 para Krishtit; studimi i grupeve familjare të pronarëve që u japin lirinë skllevërve të tyre është me shumë interes. Nuk është vetëm burri, kryetari i familjes, që u jep atyre lirinë, por familja me të gjithë anëtarët e vet (babai, nëna, djemtë, vajzat, dhe ndonjëherë, madje, edhe tre breza) që e kanë këtë privilegj, dhe që heqin dorë nga e drejta e pronësisë; qëllon madje që femra të jetë kryetare familjeje ose edhe të lirojë e vetme, pa pasur asnjë tutor, siç ishte rregulli në Athinë. Jemi këtu me të vërtetë në një shoqëri të ndryshme nga ajo e Greqisë qendrore dhe jugore, në të cilën burrat janë shpesh me bagëtitë në male gjatë verës ose në zonat e dimërimit nga tetori në prill. Për shkak të kësaj mungese të tyre të shpeshtë, gruaja luan një rol të rëndësishëm në administrimin e pasurive të familjes, ajo merr pjesë me të drejta të plota në këtë veprimtari dhe mund të vendosë edhe e vetme ose me fëmijët e saj. Me shumë interes për t’u ndjekur është edhe vetë fati i skllevërve të liruar: ata u kushtohen perëndisë (hieroi) duke u bërë njëherazi të lirë (eleutheroiy, disa mund të shkojnë pas kësaj menjëherë ku të dëshirojnë, ndërsa të tjerë i nënshtrohen detyrimit për të qëndruar pranë pronarit (ose pronares) për sa kohë që ai të jetë gjallë. Eshtë ky një informacion me të vërtetë i veçantë për jetën shoqërore të një bote të vogël të vendosur në kufij të botës greke, në prag të pushtimit romak.
Prishja e ekuilibrit të këtij mikrokozmosi ndodh në vitin 44 para Krishtit menjëherë pas vrasjes së Cezarit dhe këto ngjarje përcillen, pothuajse menjëherë, në letërkëmbimin midis Ciceronit dhe mikut të tij T. Pomponius Atticus. Ky i fundit parapëlqeu të largohej nga Roma për të blerë një tokë në Epir që në vitin 68, për të ngritur aty Amalteun e vet pranë Butrotit, rreth vitit 61. Në vitin 46, Cezari vendos të konfiskojë territorin e butrotasve, që s’kishin bërë kujdes të paguanin një taksë plotësisht, dhe të vendosë aty një koloni me veteranë. Atticus nuk dëshiron aspak që një koloni romake të vendoset pranë zotërimit të vet dhe i kërkon mikut të vet Ciceronit të ndërhyjë te Cezari me qëllim që ai të hiqte dorë nga realizimi i projektit të vet. Cezari e mirëpret kërkesën e Atticus, që përpiqet të ndihmojë banorët e Butrotit që të shlyenin borxhet që i kishin autoritetit romak. Për fat të keq të Attikut, Cezari vritet me kamë nga Bruti, në mes të marsit të vitit 44, duke mos pasë lënë udhëzime të shkruara për projektin e themelimit të një kolonie romake. Antoni e bën veshin shurdh ndaj lutjeve të Ciceronit dhe të mikut të tij dhe në verën e vitit 44, kolonia e veteranëve u vendos mirë e bukur në tokat e Prasaibëve, në dëm të interesave të T. Pomponius Atticus. Organizimi politik, ekonomik dhe social i krahinës së Butrotit tronditet tërësisht: koinoni i Prasaibëve zhduket plotësisht, aktet e lirimit nuk gdhenden më dhe popullsia vendase duhet të ketë njohur një rëndim të ndjeshëm të gjendjes së saj, duke u shpronësuar nga tokat e veta.
Të dhënat e para arkeologjike për Butrotin i takojnë humanistit italian Kiriaku i Ankonës, i cili gjatë një vizite në vitin 1435 kopjoi disa mbishkrime latine dhe përshkroi disa monumente që shiheshin mbi tokë. Gjatë shek. XIX rrënojat antike të Butrotit u përshkruan nga F.C.H.L. Pukëvil (Pouqeville), M. Lik (Leake), E. Isamber (Isambert).
Gërmimet e para arkeologjike filluan më 1928 nën drejtimin e arkeologut italian L.M. Ugolini, i cili deri më 1936 zbuloi pothuaj tërë pjesën perëndimore të agorasë, baptisterin, bazilikën paleokristiane dhe ndoqi në shumë pika muret rrethuese dhe portat kryesore të qytetit antik. Pasardhësit e tij, arkeologët P. Markoni (Marconi) dhe D. Mustili (Mustiili), vazhduan punën me zbulimin e gimnazit, Portës me Kulla dhe me sondazhe të kufizuara në akropol, deri në shpërthimin e Luftës Italo-Greke në vitin 1940.
Gërmimet rifilluan në vitet ‘70 nën drejtimin e Dh. Budinës, i cili përfundoi gërmimin e anës perëndimore të agorasë, duke zbuluar prytaneionin. Në vitin 1981 gërmimet u vazhduan në anën lindore të agorasë nga S. Islami dhe më pas nga Dh. Çondi, duke plotësuar zbulimin e një banese të nisur nga Ugolini dhe duke nxjerrë në dritë një pus monumental si dhe një sanktuar të tipit capitolium. Një gërmim tjetër u zhvillua nga e njëjta ekspeditë nën drejtimin e S. Anamalit në pjesën veriore të baptisterit, duke zbuluar një aneks të monumentit. Kërkimet në fushën e Antikitetit të Vonë dhe të Mesjetës u vazhduan në vitet 1975-1976 nga K. Lako në një kompleks mesjetar të shek. IX-X pranë portës me kulla dhe, që nga viti 1989, në një ndërtim monumental të njohur si trikonka.
Që nga viti 1991 filloi punën në akropolin e Butrintit një ekspeditë e përbashkët shqiptare-greke e drejtuar nga N. Ceka, K. Hatzis dhe A. Nanaj, e cila u përqendrua në akropolin e qytetit në kërkim të shtresave më të lashta të vendbanimit. Më 1994, një bashkëpunim shqiptar-anglez nën drejtimin e R. Hodgcs, K. Lakos, Gj. Saraçit dhc I. Gjipalit ka marrë përsipër kërkimet për periudhën bizantine. U zbulua plotësisht një rezidencë e tipit domus, e njohur si trikonka. Në vitet e fundit gërmimet u përqendruan në anën jugore të kanalit, ku u zhvillua kolonia romake e Butrotit në shek. I - II m. Kr„ duke zbuluar një tempull të shek. I m. Kr., një vilë të madhe romake të shek. II-IV m. Kr. dhe një bazilikë paleokristiane. Një vilë e madhe romake e shek. I- IV m. Kr. dhe një bazilikë paleokristiane u zbuluan në Diaporit, në bregun lindor të liqenit të Butrintit.
Butroti ka katër pjesë kryesore: akropolin, në pjesën më të lartë, ku gjendet edhe muzeu; qytetin, që shtrihet kryesisht nga ana veriore, me pamje nga liqeni; agoranë, në pjesën e ulët në anën jugore dhe nekropolin në shpatin e kodrës përballë, në anën perëndimore.
Pjesën më të lashtë të qytetit e përfaqëson akropoli, ku gjendet një fortifikim i mesit të shek. VII p.Kr. me sipërfaqe 0.7 ha. Mbi bazën e tij u formua qyteti i mirëfilltë rreth fundit të shek. V p.Kr., i rrethuar me një mur prej blloqesh të mëdha poligonale e trapezoidale, me gjatësi 700 m.
Zona më e banuar e Butrotit gjatë gjithë ekzistencës si qytet shtrihej kryesisht në shpatin verior të kodrës, ndërsa nga jugu, në periudhën antike ishte veçuar me një mur ndarës (diateihisma) një zonë shoqërore (agora) me faltoren e Asklepit, teatrin, prytaneionin, etj. Kjo pjesë komunikonte drejtpërdrejt me bregun e kanalit nëpërmjet një hyrjeje, ndërsa zona e banuar arrihej nëpërmjet katër hyrjeve të tjera.
Ky fortifikim u ruajt me pak riparime deri në shek II para Kr., kur iu shtua dhe një hyrje tjetër në drejtim të një ure të mundshme druri në fillim të kanalit. Qyteti duhet të ketë pasur në ato kohë jo më shumë se 3000 banorë. Në periudhën romake qyteti pati zgjerimin më të madh, duke mbuluar të gjithë hapësirën që ndante agoranë nga kanali, ndërsa një lagje e tij u zhvillua përtej kanalit.
Shekujve të parë pas themelimit, kur Butroti ishte nje emporion i Korkyrës, i përket relievi i luanit që ha kokën e një demi, i ripërdorur mbi Portën e Luanit. Ai ka qenë punuar në një bllok gëlqeror lokal dhe ishte pjesë e një frizi të një monumenti, i cili gjendej në akropolin arkaik.
Gjatë periudhës së Koinonit të Prasaibëve, megjithë ndërtimet e karakterit monumental në agora, nuk janë dëshmuar vepra arti. Kjo periudhë është pak e njohur edhe përsa u përket prodhimeve artizanale.
Periudha e kolonisë romake përfaqëson edhe kohën e lulëzimit të kulturës në Butrot. Zbukurimi i monumenteve publike solli në qytet një numër të konsiderueshëm skulpturash të cilësisë së lartë. Për këtë ndikoi edhe patronazhi mbi Butrotin i familjes perandorake të Jul-Klaudëve. Pjesa më e madhe e skulpturave i takon periudhës së kësaj dinastie, por cilësia e tyre ruhet gjatë gjithë shek. I m. Kr. deri në mesin e shek. II të shek. II.
Në repertorin e skulpturave të zbuluara në Butrot mund të rreshtojmë:
Pani i dehur (Muzeu Arkeologjik, Tiranë. Bronz, lartësia 17 cm). Figurina prej bronzi është gjetur rastësisht pranë Butrintit. Perëndia identifikohet nga trupi i zhveshur me këmbë dhije, mjekra dhe flokët e shpupurisur dhe veshët e zgjatur. Në dorën e majtë mban shkopin e bariut, ndërsa dora e djathtë përmbys kupën, për të parë pikat e fundit të verës. Pamja e fytyrës tregon gjendjen e tij të dehur si shoqërues i gostive dionisiane. Pani ishte i lidhur në mitologjinë lokale me liqenin e Butrotit, por edhe me kultin e nëntokës në besimet ilire-epirote. Datohet në shek. III p. Kr.