Përgjithësisht, në burimet latino-perëndimore, ernri i vendit del në formën Butintrd. Por në një rast ndeshim edhe formën shqipe Butrinto. Pozita strategjike dhe burimet e konsiderueshme natyrore, e bënin Butrintin një qendër të rëndësishme për Repu- blikën e Venedikut që e mori në dorëzim kështjellën e tij në vitin 1386. Venecianët e quanin kështjellën e Butrintit si "mburojë dhe sy të djathtë të Korfuzit". Përveç kështjellës mbi kodrën e Butrintit (akropol), ndërtuar në kohën e despotit të Artës, Mihal II Engjëlli, periudhës veneciane i përkasin edhe ndërtimi nga e para apo riforcimi i disa objekteve të tjera në zonën përreth. I tillë ishte, në veri, muri i Demës apo i quajturi Heksamil për analogji me Heksamilin e istmit të Korintit, i cili mbyllte kalimin drejt Butrintit në atë rrip toke që ndante atëherë dhe që ndan edhe sot ujërat e liqenit të Butrintit nga ato të detit Jon. Muri i Demës ekzistonte nga kohë më të hershme, por në vitin 1394 Venecianët vendosën ta rifortifikonin atë me ndihmën e sebastocratorit Gjon Zenebishi e të kontit Lanza, dy krerë shqiptarë të atyre anëve, të cilët ofruan muratorë dhe qereste për ngritjen e murit. Në prag të një konflikti të ri me Portën e Lartë, në dhjetor 1498, Bajli-Kapiteni i Korfuzit, Antonio Moro, kërkonte nga Senati të holla për fortifikimin e mureve dhe të fortesës së Butrintit. Në fakt, më 2 janar 1499, Bajliu vizitoi vetë fortesën e Butrintit dhe konstatoi se me të vërtetë fortesa ishte në gjendje të mjerueshme dhe me mure të rrëzuara (debilissimo di mure butade). Më 13 janar 1503, për shkak të shirave të rrëmbyeshëm cedoi edhe një pjesë e murit mbajtës, që ishte shumë i vjetër dhe i degraduar.
Me sa duket, punimet e fortifikimit kërkonin shpenzime të mëdha, pasi në tetor 1503, Proveditori i Flotës veneciane, pasi e inspektoi vendin, propozoi që Butrinti të kthehej në ishull duke hapur një kanal 120 hapa të gjatë në Ksamil, prej të cilave vetëm 50 hapa do hapeshin në terren shkëmbor, pjesa tjetër në tokë të butë. Për rrjedhojë, operacioni do të kushtonte pak, vetëm 2 mijë dukatë. Ky rikonfigurim i territorit, përveç kursimit të mjeteve financiare, do të zgjidhte edhe problemin gjithnjë më shqetësues të mungesës së ushtarëve për garnizonin e Butrintit. Siç nënvizon një raport i 29 gushtit 1500, autoritetet veneciane të Korfuzit e kishin të vështirë të gjenin ushtarë që të pranonin të shërbenin në gamizonin e Butrintit, pasi ky vend "ishte kthyer në një vorrezë për njerëzit për shkak të ajrit të keq" (per esse sepoltnra de homeni per il pessinio aiere).
Por, pikërisht në verën e vitit 1503 u nënshkrua një paqe e re midis Venedikut e Portës, dhe projekti i kthimit të Butrintit në ishull nëpërmjet hapjes së kanalit të Ksamilit, u la mënjanë. Në qershor të vitit 1517, Senati iu kthye projektit fillestar të riparimit të mureve dhe të kullave të kështjellës, duke parashikuar edhe një shpenzim shtesë për rritjen e pagës së rojeve me 6 dukatë në vit.
Në bregun verior të kanalit të Vivarit ngrihet edhe sot në gjendje shumë të mirë një kullë katërkëndëshe e ngritur pikërisht nga Venecianët pas vendosjes së tyre në Butrint, e cila kishte për detyrë të mbronte instalacionet e peshkimit dhe të pengonte depërtimin e anijeve nga deti për në liqenin e Butrintit. Kronisti korfiot A. Marmora thotë se pas betejës së Lepantos, më 1571, kështjella e Butrintit mbi kodër ishte rrënuar përfundimisht, dhe aty nuk u dërguan më ushtarë venecianë. Sipërmarrësi i peshkoreve të atyshme, fisniku korfiot Kristofor Kondokali përforcoi mbrojtjen e kullës së ndërtuar në bregun verior të Kanalit të Vivarit me qytetarë korfiotë të dëbuar nga ishulli. Gj. Karaiskaj mendon, gabimisht sipas nesh, se këtu bëhet fjalë për kullën veneciane të kështjellës trekëndëshe. Në fakt, flitet për kullën e vetmuar në veri të Kanalit. Kjo kullë ishte tashmë në këmbë në vitin 1585. Dokumenti përkatës, pasi pohon se kështjella e Butrintit, kështjella mbi kodër, atë kohë ishte braktisur tërësisht (deshabitato castello di Butrinto), shton se disa vite më parë, në hyrje të liqenit e në mes të një toke moçalore, Venecianët kishin ndërtuar një kullë, që mbronte peshkoret e peshkatarët, të cilët vazhdimisht ishin prë e sulmeve plaçkitëse, më së shumti nga Himarjotët fqinjë se sa nga Turqit. Kulla duhet të ketë qenë duke u ndërtuar në vitin 1565, sepse atë vit Sanxhakbeu i Delvinës iu ankua Venecianëve për ndërtimin prej tyre në Butrint të një kulle "apo binaje të madhe" (una torre over casa grande). Me këtë rast, ashtu si në rastin e Porto Palermos, marrim vesh se traktatet e nënshkruara midis Portës dhe Republikës e ndalonin prishjen e statu quo-së nëpërmjet ndërtimit të fortesave e të fortifikimeve të reja për qëllime ushtarake. Gjithsesi, ankesës së Sanxhakbeut, Venecianët iu përgjigjën duke u justifikuar se nuk bëhej fjalë për një kullë, por për rihabilitimin e një barake të thjeshtë, ngritur vite më parë nga peshkatarët e vendit për f u mbrojtur nga shirat e koha e keqe. Në fakt, gënjenin. Nuk bëhej fjalë për meremetimin e një barake peshkatarësh, por për ndërtimin nga themeli, makar edhe në vendin ku ngrihej baraka në fjalë, të një fortese solide prej guri, pikërisht të asaj që shihet ende sot në bregun verior të Kanalit të Vivarit. Njoftimi i përmendur i vitit 1588, përveçse na mëson se bashkë me liqenin e madh të Butrintit, ekzistonte edhe një tjetër më i vogël, me emrin Risa, bën të qartë se tashmë kështjella e vjetër e Butrintit mbi kodër ishte kthyer në rrënojë, dhe në pjesën fushore mes saj dhe detit shiheshin vetëm kasolle peshkatarësh si dhe një kullë për mbrojtjen e tyre.
Në bregun jugor të Kanalit të Vivarit, shihet edhe sot, në gjendje të mirë, një fortesë me planimetri trekëndëshe. Sipas Gj. Karaiskajt, fortesa, me mënyrat e teknikat e ndryshme të ndërtimit të mureve e kullave, flet për një kalim të saj në duar të zotërve të ndryshëm, duke filluar nga Anzhuinët francezë (shek. XIII) e duke përfunduar tek Turqit (shek. XVI). Por kulla kryesore e saj, me bazament në formë trungkoni, e ngjashme me kullën veneciane të Durrësit (shek. XV), si dhe relievi i luanit të Shën Markut i gdhendur në kyçin e harkut të brendshëm të kompleksit të hyrjes, flasin për markën e fortë veneciane të saj. Megjithatë, një hartë ushtarake e vitit 1663 e projektuar in situ nga një ushtarak venecian, të cilën e kemi gjetur në Arkivin e Venecias, e rimodelon idenë që ishte bërë deri tani mbi landshaftin e Butrintit, duke na ofruar një panoramë besnike të krejt territorit dhe të objekteve fortifikuese të tij. Së pari, harta tregon se lumi i Pavllës, që sot derdhet në det në një drejtim paralel me kanalin e Vivarit dhe larg tij, atë kohë derdhej pikërisht në kanalin në fjalë. Fortesa me planimetri trekëndëshe ishte ndërtuar pikërisht brenda këndit të formuar nga konfluenca e dy rrymave. Përveçse grafikisht, kjo gjë mbështetet edhe me diciturën që shoqëron skicën e fortesës trekëndëshe, "fortesë e ndërtuar nga Turqit në bashkimin e dy lumejve" . Kjo frazë lakonike përmbys edhe njohuritë e deritanishme për fortesën në fjalë, e cila presupozohej të ishte një ndërtim fillimisht anzhuin e më tej venecian, që më vonë kaloi në duart e Turqve. Në fakt, dicitura e porsapërmendur thotë se fortesa ishte ndërtuar nga Turqit. Dhe, pikërisht, raporti i Proveditorit venecian të Korfuzit, që i përcjell Senatit hartën e përmendur më sipër të vitit 1663 (nel dissegno clie inando), e thotë qartë se në muajin shtator të atij viti, Turqit kishin angazhuar një numër të madh muratorësh për t'i dhënë dorën e fundit kështjellës trekëndëshe që kishin ngritur muaj më parë. Pra, kështjella me planimetri trekëndëshe në këndin e formuar nga konfluenca e Kanalit të Vivarit me lumin Pavlla, është ndërtuar nga Turqit gjatë vitit 1663 dhe për ndërtimin e saj këta kishin angazhuar "grosso numero di niuratori". Në fakt, duke u nisur nga teknika e ndërtimit, edhe Gj. Karaiskaj e pranon se në dy nga tre kullat e kështjellës, muret e frengjitë përmbajnë elementë të arkitekturës ushtarake osmane të asaj periudhe. Kulla e tretë, që është edhe më e madhja, paraqet tipare të qarta veneciane. Pas çdo gjase ajo është ndërtuar më vonë, në vitet e fundit të Luftës së Kandias (1645-1669) ose gjatë Luftës Veneto-Turke të viteve 1684-1699, kur Venecianët ua rrëmbyen fortesën Turqve.
Ndërtimi i kështjellës trekëndëshe të Butrintit ka padyshim lidhje me ardhjen në ato anë të Bejlerbeut të Rumelisë Bejko Pasha (Beico Bassd General della Grecia overo Rumelia). Bejlerbeu (bellerbei) u shfaq me ushtri në Sanxhakun e Delvinës në gusht të vitit 1661 për të shtypur një kryengritje të popullsisë kundër mbledhjes së haraçit për Sulltanin. Por shumë shpejt u pa se Turqit kishin ardhur për shumë më tepër se aq. Fakti që trupat e bejlerbeut Bejko i shoqëronte edhe një personazh me emrin Inku ishte domethënës. Burimet veneciane të vitit 1658 e prezantojnë Inkun si "komandant në Butrint", kurse ato të vitit 1662 si "ish komandant të Butrintit". Në fakt, në zonën asnjanëse të peshkoreve, midis detit dhe segmentit fundor të lumit Pavlla, para se ky të bashkohej me Kanalin e Vivarit, harta e vitit 1663 vendos një kullë, që ajo e quan "kulla e Inkut" (Torre de Linco), duke përcaktuar edhe distancën prej 1 milje nga Butrinti. Është e qartë, se dikur midis vitit 1658 dhe 1662, Inku dhe garnizoni turk që ruante kullën ishin dëbuar prej andej, pas çdo gjase në kohën e shpërthimit të kryengritjes kundër mbledhjes së taksave. Kthimi i Inkut me trupat e Bejlerbeut tregonte se qëllimi i ekspeditës ishte ripushtimi i "kullës së Inkut", por jo vetëm. Në fakt, në nëntor 1662, bejlerbeu Bejko Pasha, i shoqëruar nga Inku, "komandant i dikurshëm i Butrintit", erdhën për inspektim në vendin e quajtur Çiflik (Ceflichi), duke paralajmëruar një sulm me ushtri për ta pushtuar atë vend. Me atë rast, u hap edhe fjala se Bejko kishte vendosur të ndërtonte një kështjellë të re. Një vit më vonë, Turqit i kishin realizuar të dyja qëllimet: kishin shtënë përsëri në dorë "kullën e Inkut" dhe kishin ngritur kështjellën e re me planimetri trekëndëshe në vendin ku bashkoheshin Kanali i Vivarit dhe lumi Pavlla. Në vështrim të traktateve të paqes, ngritja e kësaj kështjelle të re ballë për ballë me kullën e ngritur nga Venecianët në bregun verior të Kanalit të Vivarit, përbënte një shkelje flagrante. Por tashmë, midis Republikës e Portës ishte në fuqi gjendja e luftës dhe në pritje të një traktati të ri paqeje, secila palë kërkonte të fitonte sa më shumë terren.
Në fakt, ndërtimi i kullës së Inkut dhe i kështjellës me planimetri trekëndëshe përballë kullës veneciane, e kthente Butrintin nga një bazë veneciane, në një bazë turke. Me atë rast, dhe jo pa arsye, Proveditori venecian i Korfuzit kujtonte përvojën e mëhershme të ndërtimit nga ana e Turqve të kështjellave të Sopotit e Margëlliçit, dhe nëse e njëjta gjë do ndodhte edhe me Butrintin, Republika e Shën Markut nuk do të mundte më të furnizohej as me njerëz, as me drithëra dhe as me sende të tjera të domosdoshme për Korfuzin venecian, siç kishte ndodhur deri më tash.
Butrinti nuk kishte një port të vërtetë, edhe pse në detin e tij dëshmohen lëvizje anijesh e madje edhe flotash. Në fakt, në mënyrë eksplicite, në vitin 1623 flitet për një "porto Caragol" afër Butrintit, ku deshi të ankoronte në shtator 1623 një anije tregtare veneciane në vështirësi, që vinte e ngarkuar nga Izmiri. Kjo skelë e vogël duhet ta ketë marrë emrin nga kulla e vëzhgimit (turqisht: karakoll) që ishte ndërtuar pranë tij. Por ky port konsiderohej i papërshtatshëm nga Venecianët e Korfuzit, pasi ishte i pambrojtur kundrejt suhneve të piratëve e të Turqve dhe ishte i pasigurt nga pikëpamja
Butrinti nuk kishte një port të vërtetë, edhe pse në detin e tij dëshmohen lëvizje anijesh e madje edhe flotash. Në fakt, në mënyrë eksplicite, në vitin 1623 flitet për një "porto Caragol" afër Butrintit, ku deshi të ankoronte në shtator 1623 një anije tregtare veneciane në vështirësi, që vinte e ngarkuar nga Izmiri. Kjo skelë e vogël duhet ta ketë marrë emrin nga kulla e vëzhgimit (turqisht: karakoll) që ishte ndërtuar pranë tij. Por ky port konsiderohej i papërshtatshëm nga Venecianët e Korfuzit, pasi ishte i pambrojtur kundrejt suhneve të piratëve e të Turqve dhe ishte i pasigurt nga pikëpamja shëndetësore.
Sado i tillë, nga ky port i vogël realizohej një lëvizje e madhe mallrash në drejtim të Korfuzit, në radhë të parë grurë dhe mish. Turqit, të cilët përpara mesit të shek. XVII nuk kishin në atë territor ndonjë bazë a kështjellë të qëndrueshme, nuk ishin në gjendje ta ndalnin një trafik të tillë, siç vepronin me portet e tjerë të Vagenetisë (Çamërisë), si me Bastian, Igumenicën e Frarin. Detyrën e patrullimit të atyre ujërave e kryenin shpeshherë anijet turke të Santa Maurës (Leukada), të cilat pengonin daljen në breg të varkave dhe anijeve korfiote që vinin aty për t'u ngarkuar me drith, mish e produkte të tjera ushqimore. Por në vitin 1658 mjaftoi të patrullonte në ato ujëra një anije malteze e Urdhrit të Johanitëve të Maltës, që anijet e Santa Maurës të mos dukeshin dhe në Korfuz të mbërrinin sasira të mëdha produktesh ushqimore nga ajo zonë e begatë. Ndaj, po në vitin 1658, në kulmin e Luftës Veneto-Turke të Kandias, kur Porta kishte shpallur mbylljen totale të skelave në sterenë shqiptare të Jonit, komandanti turk i zonës së Butrintit, Inku, vendosi të ndërtojë në atë port me lëndën e pasur drusore të pyllit të famshëm të Butrintit dy galeota për të penguar trafiqet mes Korfuzit e Butrintit. Autoritetet veneciane të Korfuzit e pritën me shqetësim këtë lajm dhe hartuan një plan për djegien e anijeve në fjalë, kur ato ishin ende në fazën e ndërtimit.
Rëndësinë ekonomike të Butrintit për Venedikun në atë kohë e nënvizonte Proveditori i Korfuzit, Marchio Michiel. "Ky vend", shkruante ai në vitin 1659, "ka një rëndësi të jashtëzakonshme jo vetëm për shkak të peshkoreve, nga të cilat nxirren çdo vit më shumë se 2 mijë dukatë fitim, por edhe për shumë arsye të tjera, siç është ajo e importeve të drithit, mishit, lëndës drusore". Në vitin 1537 peshkoret e Butrintit iu dhanë në sipërmarrje fisnikut Manol Mosko nga Korfuzi, kurse më 1572, me një
vendim të Senatit, ato i kaluan fisnikut tjetër shqiptaro-korfiot, Kristofor Kondokali. Krahas peshkoreve të Butrintit, Bajliu venecian i Korfuzit jepte në koncesion edhe peshkoret e afërta të Vrinës. Por, qoftë se ishin më të parëndësishme, e qoftë se ndodheshin me afër territorit nën jurisdiksionin osman, e kështu të rrezikuara, qeramarësit e peshkoreve të Vrinës preferonin tzua kalonin ato personave të tretë, duke marrë prej tyre 130 dukate. Falë ujdive me komandantët osmanë të vendit, familja Kondokali ushtronte të drejta feudale edhe në kullotat e Ksamilit, edhe pse ky vend ishte në pronësi të barinjve Shqiptarë, shtetas osmanë. Për hir të këtyre të drejtave, pinjollët e familjes Kondokali merrnin dy kokë bagëti për çdo njëqind kokë.
Por peshkoret rrezikoheshin nga dalja e lumit Pavlla, që në rast reshjesh, prirej të dilte nga shtrati pikërisht nga krahu i majtë, ku ndodheshin peshkoret në fjalë. Venecianët u përpoqën ta shmangin këtë rrezik, duke ngritur një mur me trungje në këtë krah.
Gjithashtu i rëndësishëm ishte Butrinti për pyjet e tij. Venediku parashikonte ta përdorte lëndën drusore të nxjerrë nga ato pyje për nevojat e kështjellës së Butrintit dhe për riparimin e anijeve të mëdha e të vogla të flotës veneciane (per uso di questa fortezza, conie per acconziar le galere tanto grosse quanto sottili dell'Arniata). Por, siç konstatonin më 1611 autoritetet eprore të Korfuzit, banorët vendas, si dhe ata të ishullit Paksos e të Pargës vinin aty për të prerë dru pa kriter e duke i shkatërruar pyjet në fjalë. Ndaj, atë vit u vendos që të gjithë ata të cilët do të ziheshin duke prerë dru pa licencë në pyjet e Butrintit, ku të shënohej qartë sasia e cilësia e drurit, do dënoheshin me 5 vjet shërbim galere e me ndalim të përhershëm të veprimtarisë.
Më 1716, Schulemburg së bashku me Proveditorin Loredan vendosi të sulmojë Butrintin. Qyteti, bashkë me Prevezën e Vonicën, ra përsëri në duar të Venecianëve. Traktati i Passarowitz, më 21 korrik 1718, ia rikonfirmoi ato Sinjorisë, që i mbajtën deri në rënien e Rupublikës.