Temenosi i hyut të mjekësisë Asklepit, i njësuar me agoranë, ndodhet në jug të qytetit, në një shesh të vogël 0.15 hektarësh. Temenosi është i ndrydhur mes shkëm-bit të lartë të akropolit dhe murit rrethues të qytetit të poshtëm. Elementët e tij esencialë janë tempulli i Asklepit, stoa kurative dhe teatri.
Temenosi lindi dhe u zhvillua nga pusi me ujë mineral, në anën e djathtë të sheshit, dhe butimi mineral në anën e majtë të sheshit. Më tej, ky i fundit u kthye në adyton (qeli të shenjtë) dhe para tij u ngrit tempulli i Asklepit dhe pranë pusit u ndërtua stoa kurative. Elementi i fundit, teatri, “u ndërtua me të ardhurat e hyut [Asklep]”, çka e tregon atë pjesë integrale të temenosit të hyut.
Stoa, i ngjishet shkëmbit të thiktë në skajin verilindor të sheshit. Nga pas dhe majtas ajo kufizohet prej shkëmbit të rrafshuar për ndërtimin e saj, ndërsa djathtas prej një sheshi të vogël, ku pllakat e shtrojës këmbehen me shkëmbin e gjallë dhe prej pusit kurativ. Mbi këtë të fundit ngrihet një mur i fuqishëm me blloqe trapezoidale, i fimdit shek V- fillimit shek IV p.e.s. Struktura. Stoa ka planimetri drejtkëndëshe dhe për- masa 29.70 x 5.70 m. Elementet e saj janë më se të thjeshtë: një mur ballor, një mur anësor dhe një çati. Rolin e murit të pasmë e luante shkëmbi i gjallë, i rrafshuar në pjesët tepër të dala, por i lënë natyral në pjesët e tjera. Damarët shkëmborë, të cilët vende-vende vijojnë të parrafshuar edhe në dysheme, dëshmojnë synimin për një lidhje sa më organike me natyrën dhe përjashtojnë mundësinë që stoa të shërbente për shëtitje. Nga pas shkëmbi i thiktë pritet në 4.10 m lartësi, duke krijuar një brez horizontal 1 m të gjerë.
Muri ballor i ruajtur në 3.70 m lartësi, përçahet nga katër kalime 4.20- 4.40 m të gjerë. Në 1.40 m lartësi, pas një thembre të sheshtë, shpatullat e kalimeve kthehen me 45°, duke krijuar pseudoharqet trapezoidalë të mbulimit të tyre. Muratura e stoas është pseudoizodomike, me blloqe gëlqerori me faqe të jashtme të rrafshët. Muret 0.90 m të gjera, përbëhen prej dy faqeve me blloqe gjatësore të vendosur përbri njëri-tjetrit, të këmbyer me blloqet e tërthorta. Për të rritur qëndrueshmërinë, pjesët e plota mes kalimeve janë trajtuar në formë pilastresh kryqe (3.25 x 1.90 m).
Rikonstruksioni. Stoa e Buthrotit ka qenë dykatëshe: Brezi horizontal një metër i gjerë, i krijuar nga prerja e shkëmbit në 4.10 m lartësi, shërbente për mbështetjen e një dyshemeje të rëndë. Në të kundërt, nëse stoa do ishte njëkatëshe, për mbajtjen e një çatie të lehtë do mjaftonte një kanal i ngushtë.
Mbi pusin e shenjtë, në një nivel me dyshemenë e katit të sipërm, vijonte një platformë (9.50 x 2.80 m), drejt së cilës të çonin një palë shkallë guri (1.80 x 6.10 m). Shkalla dhe platforma komunikonin vetëm me katin e dytë të stoas dhe me asgjë tjetër, pasi pas dhe anash tyre vijon shkëmbi i thiktë.
Struktura e murit me pilastra kryq, nuk e përligj veten për mbajtjen e një çatie të lehtë. Si të tilla pilastrat kryqe kishin një fonksion të dyfishtë: tektonik, shtangien e strukturës së rëndë dykatëshe, dhe estedk: gjymtyrëzi-min e rrafshit monoton të ballit nëpërmjet efektit dritë-hije: alternimit të fashave të ndritshme me fashat e errëta. Lartësia e prerjes së shkëmbit tregon se kati i poshtëm ishte 4.10 m i lartë, ndërsa gjurmët në shkëmb na njohin me lartësinë prej 3 metrash të katit të sipërm.
Stoa e Butrintit është singolare, e veçantë dhe e veçuar, me një atkitekturë në mos arkaike, arkaizuese: Me balle me pilastra kryqe të cilat krijojnë efektin e twilight-t, të dritëhijes, e mbuluar me pseudoharqe trapezoidalë, të cilët rrahin t’i thërrasin kujtesës arkitekturën minoike, prej shekujsh të harruar.
Destinimi. Vëllimi i mbyllur i gurtë i stoas, në jehonë të shkëmbit të lartë e të ashpër të akropolit, e shkrin atë me sfondin, duke zhdukur kontradiktën midis natyrës dhe krijimit të dorës së njeriut. Stoa e lidhur organikisht me natyrën dhe më tej me ndërtimet e qendrës së qytetit, me tempullin e Asklepit dhe teatrin, ishte një element integral i temenosit të perëndisë së mjekësisë, Asklepit. Mosrrafshimi i shkëmbit të dyshemesë së stoas dhe ngushtësia e saj (4.20 m), tregojnë se ajo nuk ishte shëtitore e mirëfilltë, por stoa kurative për fjetjen e pacientëve, të cilëve gjatë gjumit hipnotik u shfaqej vizioni i hyut që u jepte këshillën e duhur për kurim ose ndërhyrje kirurgjikale. Nisur nga mbishkrimet në Abatonin e Epidaurit, ky gjumë nuk ishte thjesht natyral, por gjumë narkoze nga substancat saporifike që lejonin ndërhyrjet kirurgjikale. Lidhja organike e stoas me pusin që inkorporohej në trupin e shkallëve, tregon se pusi me ujë mineral shërbente për kurimin e një sërë sëmundjesh.
Struktura dykatëshe e stoas, përputhet me kërkesën për dy mjedise fjetjeje: veçan për burrat dhe veçan për gratë, praktikë kjo e dëshmuar në Abatonin e Epidaurit dhe Amphiareionin e Oropos. I tërë kompleksi i përket mjekësisë theurgjike, sipas së cilës shërimi i të sëmurëve bazohej në shkathtësitë e priftërinjve mjekë dhe fuqinë hyjnore të perëndive, për rastin e dhënë Asklepit, kryezotit të Butrintit. Përmendja në mbishkrimet e priftit të Asklepit si fonksionari më i lartë i qytetit, e dëshmon Butrintin stabiliment mjekësor nën egjidën e hyut të mjekësisë, Asklepit. Gjetja në thesauros e një kasaforte për hedhjen e monedhave dhe mbishkrimi i teatrit u “ndërtua me të ardhurat e hyut [Asklep]”,, tregon se, ashtu si edhe në qendrat e tjera theurgjike, diagnostikimi dhe shërimi i pacientëve kryhej kundrejt pagesës (Pausanias, 1.34.4) dhe se mjekësia ishte burimi kryesor ekonomik i Butrintit. Kjo e dëshmon Butrintin si një nga qendrat e mëdha spitalore të periudhës parahipokratiane dhe e rendit atë në kategorinë e qendrave të mëdha kurativo/balneare si Kosi dhe Epidauri
Datimi. Ndonëse e periudhës klasike, stoa e Butrintit ruan tiparet e stoave të zhdukura arkaike: qenien në temenos, shfrytëzimin e shkëmbit si mur i pasmë, mostrajtimin e ballit me kolona por me mur dhe kalime, ngushtësinë dhe çatinë njëujëse.
Për nga formulimi me mure të plota të përçara nga kalimet, ajo ngjason me Galerinë L të Thasosit (fillimit shek. V p.e.s), ndonëse më primitive se stoa e Buthrotit. Në të raporti mur i plotë/kalime, ndryshe nga Buthroti është invers: kalimet janë të ngushta (2,5 m) dhe pjesët e plota të gjera (5 m). Trajtimi i shkëmbit në shpinë dhe taban dhe gjerësia e kufizuar, haset edhe në stoan njëkatëshe të Nymfeionit të Nausas (shek. IV p.e.s.), por balli me kolona e tregon atë arkitektonikisht më të avancuar.
Pozicioni, përmasat dhe lidhja me burimin e afrojnë stoan e Buthrotit edhe me stoan L të Asklepeionit në Athinë, pot sërish trajtimi i stoas së Butrintit është mjaft më primitiv. Këto paralele, ndonëse të përafërta dhe pje-sore, e mbërthejnë stoan e Butrintit në çarkun fillim i shek V p.e.s.- fillim i shek. IV p.e.s.
Në një fazë të dytë, seksioni i majtë i stoas u çmontua për t’i bërë vend shkallares së teatrit çka tregon se si stoa ashtu edhe teatri kishin padron po priftërinjtë e Asklepit. Rrjedhimisht kjo ndërhyrje mund të ndodhte vetëm pas një kohë mjaft të gjatë dhe datimi i teatrit në gjysmën e dytë të shekullit IV p.e.s. ja cakton stoas sinorin e ndërtimit diku nga kapërcyelli i shekujve V/IV p.e.s.