Territori Lindor i Mesdheut vazhdonte të ishte nën sovranitetin osman, por Qipro ishte një kërcënim dhe shqetësim i vazhdueshëm për supremacinë osmane. Piratët e Qipros, madje kishin guxuar të grabisnin kuajt që Bejlerbeu i Egjiptit i dërgonte si dhuratë Selimit, që në atë kohë ishte Sanxhakbej i Konjas. Për më tepër, Qipro qëndronte si bllokadë mbi rrugën e pelegrinazhit për në Hixhaz. Llalla Mustafa Pasha dhe Pijale Pasha u dërguan që të merreshin me këtë kërcënim. Ata e hapën kryeqytetin e Qipros, Lefkoshën në vitin 978/1570 ndaj Islamit, ndërkohë që Gime 'dhe Bafi u dorëzuan. Magoza qëndroi pak më shumë, pasi kishte një kështjellë të fortë, por edhe ajo u hap ndaj Islamit në vitin 979/1571. Kjo është përshkruar në një varg si më poshtë vijon:
Alldë Këbrës odosën Shah Selim.
Shah Selimi mori Ishullin e Qipros.
Vlerat numerike të germave në këtë rresht tregojnë vitin 978 (1571).
Struktura administrative osmane në Qipro përshkruhet në këtë mënyrë: "Otomanët e riorganizuan Qipron në përputhje me parimet e tyre standarde. Katolikët latinë që kishin krijuar klasën drejtuese në këtë ishull u eliminuan. U rivendosën privilegjet e dikurshme të Kishës Ortodokse greke së bashku me zotërimet e saj. U morën masa për të fituar popullsinë lokale dhe për zhvillimin e burimeve ekonomike dhe financiare. Ligji, sipas të dlit skllevërit ishin të detyruar të pimonin dy ditë në javë për pronarët e tyre të tokës, u shfuqizua. Një numër i madh emigrantësh turq, 70.000 sipas një përllogaritje, u sollën me bagëtitë dhe orenditë e tyre nga Anadolli Qendror, sipas sis-temit syrgjyn të zhvendosjes së detyruar dhe u vendosën në tokat e zbrazëta të Qipros.