Themelimi i kolonisë së Apolonisë është rreth një gjeneratë më i vonshëm nga ai i Epidamne-Dyrrhahut. Ai duhet të vendoset rreth vitit 600 para Krishtit dhe është, sipas Skymnit (439-440) dhe Strabonit (VII, 5. 8 c 316). vepër e korkyrasve dhe e metropolit të tyre Korintit, edhe pse Pausania vë theksin në rolin e Korkyrës dhe kalon në heshtje atë të korintasve. Stefan Bizantini (s.v. Apolonia dhe Gylakeia) jep disa përcaktime interesante, duke shpjeguar se atje kanë qenë dërguar 200 korintas të udhëhequr nga Gylaku, nga ku dhe qyteti i ri u quajt Gylakeia. Korinti, pra, duhet të ketë dërguar oikistin - themeluesin dhe një grup kolonësh të rinj, numri i të cilëve është me interes për t’u shënuar; edhe pse Korkyra dërgon një grup të barabartë ose më të madh kolonësh, shihet qartë, në këtë rast, se numri i pjesëmarrësve në këtë themelim është i vogël. Për më tepër, të ardhurit e rinj janë pothuajse të gjithë burra, gjë që nënkupton se ata martohen me gra nga popullsia vendase, për të siguruar vazhdimësinë e kolonisë. Që nga brezi i dytë, kolonia popullohet nga një popullsi e përzier, që është gjysma me origjinë korkyro-korintase për nga burrat dhe gjysma me origjinë lokale për nga femrat. Rreth vitit 575, Gylakeia mori disa kolonë të rinj të ardhur nga Disponti në Elidë (Strabon, VIII 3, 32 c 357). Shumë shpejt, pas themelimit, qyteti i ri ndërron emrin, duke zgjedhur Apolonin si themelues hyjnor të qytetit dhe duke marrë emrin Apolonia, sikurse dhe shumë ngulime të tjera greke në dhë të huaj.
Institucionet e Apolonisë kanë tërhequr vëmendjen e Aristotelit (Politika, IV, 4, 5, 1290 b), i cili sheh aty një shembull të qartë të oligarkisë, në të cilën funksionet shtetërore dhe nderet i takojnë një numri të vogël qytetarësh me origjinë fisnike, pasardhës të kolonëve të parë, dhe Aristoteli e bën këtë vërejtje më shumë se dy shekuj e gjysmë pas themelimit të kolonisë; kjo tregon për jetëgjatësinë e këtij regjimi aristokratik, pasuria e të cilit bazohet gjerësisht në pronësinë tokësore. Apolonia dallon shumë nga fqinji i vet Epidamne-Dyrrhahu, që ka si tipar kozmopolitizmin e një qyteti të madh portual. Dallimi i madh theksohet edhe nga Eliani (Varia historia XIII, 16), që vë përballë ksenelasinë (përzënien e të huajve sikurse në Spartë) të apoloniatëve dhe karakterin mikpritës të Epidamnasve ndaj të huajve që mund të vendosen aty dhe të marrin një status legal. Tregimi i Herodotit që bën fjalë për fatkeqësitë e Evenios nga Apolonia, përcakton se pasuria e banorëve mbështetet sidomos në pronësinë tokësore dhe në kopetë e mëdha të bagëtive, më shumë se në funksionin e qytetit si port lumor mbi Aoos, hyrja në të cilin është e vështirë kur bën kohë e keqe.
Historia e Apolonisë del në burimet e shkruara shumë e paplotë, në kohën kur qytetet e mëdha greke, si Athina, Sparta dhe Korinti marrin pjesë në ngjarjet që lidhen me brigjet e Adriatikut. Pausania (VI. 14, 13) vë në dukje praninë, në sanktuarin e Olympit, të statujës së Meneptolemit nga Apolonia që fiton në vrapimin në stadium në katagorinë e fëmijëve, në vitet 504-500, afërsisht një shekull pas themelimit të kolonisë. Rreth vitit 450, apoloniatët fitojnë një luftë të ndërmarrë kundër Thronionit, e cila u bë shkas për ngritjen e një monumenti në Olimp (sipas Pausanias, V 22, 2-4, konfirmuar edhe nga një mbishkrim i Olimpit, CIGIMEI 2, n° 303). Thronioni ndodhet në jug të lumit Aoos, por identifikimi i tij është i vështirë në kufirin e territorit të abantëve (ose amantëve); në bregdet duhet menduar për qytetin e Triportit, në veriperëndim të Vlorës; në brendësi, Thronioni mund t’i korrespondonte Olympes (në fshatin Mavrovë) ose dhe vetë Amanties (në fshatin Ploçë). Sidoqoftë, është fjala për një shtrirje të territorit apoloniat drejt Juglindjes, në luginën e Shushicës dhe në bregdetin adriatik.
Gjatë trazirave, që shpërthyen në Epidamne-Dyrrhah midis aristokratëve dhe demokratëve, në vitet 435-433, Apolonia rreshtohet qartë në anën e Korintit ; pikërisht në Apoloni grumbullohen kolonët e rinj dhe trupat e dërguara nga Korinti, me rrugë tokësore që nga Ambrakia, për të shmangur rrugën detare të kontrolluar nga korkyrasit. Nuk mund të thuhet me siguri nëse apoloniatët marrin pjesë aktivisht në operacionet detare që vënë përballë korintasit dhe aleatët e tyre me korkyrasit të mbështetur nga athinasit. Eshtë e vërtetë se pozita e Apolonisë në veri të kalimit të ngushtë midis Korkyrës dhe bregut të Kaoni-Thesprotisë nuk lejonte dërgimin e një flote apoloniate që do të donte të bashkohej me forcën detare korintase që vinte nga jugu.
Në shekullin e IV, pasuria e Apolonisë bëhet e qartë edhe një herë me rastin e kontributeve të kërkuara nga sanktuari i Delfit për rindërtimin e tempullit të Apolonit i shkatërruar në vitin 373: një mbishkrim i Delfit (J. Bousquet, CID II, n° 4, col. II, 1-22) na njeh me një dhuratë në elb të bërë nga apoloniatët; e kthyer në para, ajo vlente 3587 drahme dhe 3 '/z obole ; është ofranda më e madhe e përmendur nga ky mbishkrim, më e madhe nga ajo e Megarës që shkon në 3 444 drahme. Në Ko-rint, një tjetër mbishkrim (P. A. Hansen, Cannina epigraphica Graeca saeculi IV a. Chr. N. (1989), n° 809) dëshmon për lidhjet që vazhdonin të ekzistonin midis Korintit. metropolit, dhe qyteteve të veta bija (të paktën Korkyra dhe Apolonia, ndoshta edhe Ambrakia), padyshim për të celebruar fitoren e Timoleonit mbi kartagjenasit në Siqeli pranë lumit Krimisos. rreth vitit 341 para Krishtit.
Në periudhën helenistike, Apolonia, sikurse fqinji i saj Epidamne-Dyrrhahu, është vënë në zotërim herë pas here nga Kasandri më 314, pastaj është rrethuar nga Glaukia Taulanti, i cili e heq rrethimin në momentin e kalimit të Akrotatit të Spartës. Së fundi janë trupat e Korkyrës që e lirojnë Apoloninë nga gamizoni i saj maqedonas, ndërkohë që e gjithë prapatoka kontrollohet nga Glaukia. Korkyrasit, sipas Diodorit (XIX, 78), u japin lirinë apoloniatëve dhe i kthejnë Epidamnin Glaukias "mbret i Ilirëve”. Në vitin 312, Kasandri rikthehet për të rrethuar Apoloninë, por ai u zmbraps nga apoloniatët, ushtria e të cilëve u rreshtua në betejë përpara mureve, sipas Diodorit (XIX 89, 1-2). Duket që në këtë datë. Glaukia të ketë arritur të vendosë autoritetin e vet mbi Apoloninë sikurse dhe mbi Epidamnin. Në kohën e Pirros (297-272). autoriteti i mbretit epirot shtrihet gjerësisht në Ilirinë e jugut, në mënyrë të sigurtë deri në Apoloni dhe në luginën e Shkumbinit, dhe ndoshta edhe deri në Epidamne-Dyrrhah. Për t’iu kundërvënë Pirros, mbreti ilir Monuni pret, të paktën një tetradrahmë të tipit maqedonas me emrin e vet, gjë që nuk do të thotë se ai e ka shtrirë pushtetin e vet mbi Maqedoninë; ai pret gjithashtu edhe disa tre-drahme ose staterë duke huazuar tipin tradicional të staterëve të Dyrrhahut dhe të Apolonisë, që ka në faqe lopën në këmbë në të djathtë, me kokën të kthyer për të lëpirë viçin që po i jep të pijë; disa studiues kanë arritur nga kjo në përfundimin, pak të nxituar, se këto monedha tregonin për vendosjen e pushtetit të mbretit Monun mbi këto dy qytete. Do të parapëlqenim të shihnim këtu dëshirën për të rimarrë tipet monetare të një qyteti të madh tregtar, si Dyrrhahu, duke përfituar kështu nga emri i mirë që kishte fituar kjo monedhë. Monuni lehtësonte, me këtë, këmbimet e mbretërisë së vet, pa patur në zotërim, megjithë atë, të dy qytetet portuale.
Vendosja e romakëve në bregdetin perëndimor të Adriatikut, pikërisht në Brundisium, rreth vitit 266, shpjegon dërgimin nga Apoloniatët në Romë të delegatëve të tyre, sikurse na bën të ditur Valer-Maksimi (6, 6, 5). Gjendja ndryshon në Ilirinë e jugut. me rënien e dinastisë ajakide në vitin 232 dhe me shtrirjen e mbretërisë së ardianëve në Mal të Zi dhe në Shqipërinë e veriut. Ilirët ndërmarrin disa veprime piraterie përgjatë brigjeve të detit Jon deri në Messeni dhe arrijnë të marrin qytetin e Foinikes, në sajë të tradhtisë së garnizonit kelt që mbante akropolin e qytetit. Reagimi romak është i dhunshëm, për shkak të trajtimit të keq që iu bë disa tregtarëve italianë të kapur robër në Foinike: 20 (XX) këmbësorë dhe 2 000 kalorës romakë kalojnë në Apoloni që vihet “në tutelën" e romakëve, sipas Polibit (II, 9-12). Roma vendos protektoratin e vet mbi Korkyrën, Epidamnin, Isën, Apoloninë dhe mbi etnitë e prapatokës. Sigurisht, ushtritë romake kthehen përsëri në Itali në fund të operacioneve, por portet e Epidamnit dhe të Apolonisë u ripërdorën si zona të zbarkimit gjatë secilës prej tri luftrave të Maqedonisë. Pas rënies së mbretërisë së Maqedonisë. Roma organizon provincën e Maqedonisë më 148 që përfshin të dy portet e bregdetit adriatik. Ata janë, si njeri dhe tjetri, pikënisje të via Egnatia. që rimerr itinerarin e aksit transballkanik, i përdorur që prej shumë kohësh, i cili lidh bregdetin adriatik me Lyknidin (Ohrin) dhe arrin, përmes Maqedonisë. në portin e Selanikut për të vazhduar më tej drejt Lindjes deri në Bizant.
Në luftën civile midis Pompeut dhe Cezarit. Apolonia merr anën e Cezarit dhe, në vitin 45. mirëpret Oktavianin e ri që mëson në këtë qytet për vrasjen e babait të vet adoptiv. Kjo është me siguri arsyeja pse Dyrrhahu shtrëngohet të pranojë vendosjen e një kolonie veteranësh në truallin e vet, ndërsa Apolonia i ruan institucionet tradicionale dhe njihet si “civitas libera et immunis”, sipas shprehjes së Nikollës së Damaskut. “Pax romana” është e favorshme për mbrothësinë e Apo-lonisë, që njeh, në kohën e Antoninëve, një fazë të re ndërtimesh monumentale, si Odeoni, Bouleuterioni (ose Monumenti i Agonotetëve), të cilat zbukurojnë qytetin. Qenë padyshim dyndjet gote, në çerekun e fundit të shekullit të IV, që shënuan rënien e qytetit, aktiviteti monetar i të cilit ngadalësohet shumë pas vitit 375. Emri i Apolonisë del ende në disa lista koncilesh : peshkopi i Apolonisë dhe Bylisit, Feliksi, merr pjesë në koncilin e III ekumenik të Efesit (431), ku ai shprehet në latinisht dhe del kundër Nestorit. Por, shihet që, tashmë, peshkopata është zhvendosur pjesërisht në Bylis, për shkak të plaçkitjeve të pësuara nga Apolonia. Qyteti braktiset në vazhdimësi. Duhet pritur shekulli i XIV që këtu të ngrihet manastiri i Shën Mërisë, duke përdorur monumentet antike si gurore. Ky shfrytëzim vazhdon ende në shekullin e XIX kur bejlerët e Beratit i detyrojnë fshatarët e tyre të transportojnë blloqet e shkulura nga tempulli i Shtyllasit për ndërtimin e pallateve të tyre, sikurse dëshmojnë udhëtarët perëndimorë të kësaj periudhe. Qyteti mbetet i braktisur deri në mbërritjen e arkeologëve.