Si peshkopatë në varësi të selisë metropolitane të Ohrit, Janina përmendet në vitin 1020, pas luftërave bullgaro-bizantine. Më 1082 qyteti u pushtua për pak kohë nga Normanët e Boemundit. Në traktatin veneto-bizantin të vitit 1198 dhe në traktatin e ndarjes së Perandorisë Bizantine, më 1204, flitet për një provintia de Gianina. Më 1225, në kohën e Despotatit të Artës, përmendet një themë e Janinës. Më 1319 Janina pushtohet nga Perandoria Bizantine dhe ngrihet në nivelin e një mitropolie. Nga viti 1358 (beteja e Akelout) e deri në pushtimin osman (1430), Janina u kthye në një mollë sherri midis krerëve shqiptarë të Epirit dhe sunduesve të ndryshëm bizantinë, serbë e italianë të saj. Dëshmohet si sanxhak më vete qysh para vitit 1520, kur u bë dhe regjistrimi i parë që njohim. Më 1519 flitet për një flamburar të Janinës, titull i barasvlershëm me sanxhakbeun. Sipas Marin Sanudos, ky ishte shqiptar në moshën 45 vjeç e më 1522 u emërua nga Sulltani si komandant i flotës osmane. Defterët osmanë të viteve 1520 e 1530 e paraqesin Janinën si qendër Sanxhaku, nga e cila vareshin kazatë e Artës, Grebenesë, Rinasës (që përfshinte edhe qytetin e Prevezës) si dhe kazaja e Janinës vetë, ku përfshihej edhe qyteti i Paramithisë. Më 1529, ishte Sanxhakbe i Janinës, Jonuz Beu. Përveç qendër e Sanxhakut, Janina ishte një qendër tregtare me rëndësi rajonale (Gianina luoco mercantile del Signor Turco). Bashkë me karvanet tregtare që vinin nga Konstandinopoja, në Janinë, në Gjirokastër, Margëlliç, Pargë, Sajadhë e deri në Korfuz e Venedik përhapeshin lajme, por edhe thashetheme mbi nisje ekspeditash ushtarake apo mbi epidemi murtaje, që turbullonin autoritetet veneciane dhe shkaktonin ankth tek popullsitë.
Gjatë gjithë shek. XVI të gjitha qytetet e fshatrat e Vagenetisë, ashtu si ato të mbarë Epirit, kishin vetëm popullsi të krishterë. Vetëm në qytetin e Janinës kishte një komunitet mysliman prej 50 shtëpish. Jashtë Janinës, në vitet e para të shek. XVII, dëshmohen vetëm dy fshatra luajale ndaj pushtetit të sanxhakbeut osman, Turkogranica dhe Zaravusa, por nuk ngjan që ato të ishin të konvertuara në islam.
Pas shtypjes së kryengritjes të Dionis Filozofit, më 1611, të krishterët u nxorën jashtë nga kështjella dhe aty u vendosën autoritetet osmane dhe familje të islamizuara. Atëherë, në 1618, u ngrit edhe xhamia e Asllan Pashës.