Gjatë pushtimit të Butrotit nga ushtria e Cezarit në vitin 48 p. Kr. duket se ka pasur një rindërtim të pjesshëm të murit rrethues. Në zonën e agorasë u përdorën për këtë qëllim materiale nga ndërtesat shoqërore. Në ndërtimin e një kulle u përdorën 105 mbishkrime që datohen nga mesi i shek. II deri në mesin e shek. I p.Kr., kur Butroti ruante ende statusin e qendrës së koinonit, para se të kthehej në koloni romake.