Fortifikimi i Malathresë ndodhet 4 km në veri të qytetit antik në Çukën e Ajtoit dhe 6 km në jugë të Buthrotit, në një terren ku vargjet malorë pararenden prej kodrash të ulëta që bien butë drejt fushës pjellore të Vrinës.. Fortifikimi ndodhet 5 km larg bregut të Jonit, në të djathtë të rrugës Aulonë ose Epidamn - Ambraki (TP Miller IR 559; IA Cuntz 323-5).
Fortifikimi ndodhet në mes të një kodre 45 m të lartë e cila ulet butë drejt fushës, rreth 50 m larg rrugës. Pozicioni tregon se synimi kryesor i ndërtimit të tij ishte afërsia me rrugën. Fortifikimi, një tetrapyrgion me planimetri katrore (18,6 x 18,6 m/ 346 m2) përforcohet në skajet me 4 kulla katrore.
Kullat me dimensione të përafërta 5,2 x 5,5 m projektohen 2,60 m nga kurtina ndërsa hyrja ndodhet në mes të anës perëndimore. Në brendi ndodhej oborri i hapur përreth të cilit grupoheshin kthinat.
Kurtinat 1,60 m të gjera dhe 4,5 m të larta (fig.5), në 2,30 m lartësi dhëmbëzohen (0,35- 0,50 m) për mbështetjen e dyshemeve të kthinave të katit të dytë. Si i tillë luftimi nga kurtinat kryhej nga niveli i katit të dytë, nëpërmjet frëngjive të këtij kati.
Kullat katrore ndërlidhen organikisht me skajet e fortifikimit. Kulla verilindore, e ruajtur deri në 5,5 m lartësi, e ka katin e parë (3,1 x 3,4 m) të zbrazët. Foletë e trarëve 4 m lart tabanit tregojnë lartësinë e katit të parë. Në të të fut hyrja diagonale (0,97 m) e cila vazhdon edhe mbi nivelin e katit të dytë, çka tregon se në katin e dytë të kullës kalohej nga kati i dytë i kthinave. Në një periudhë të dytë, për rritjen e qëndrueshmërisë ndaj goditjeve, kati i parë i kullës mbushet me dhe e gurë.
Hyrja kryesore, 2,50 m e gjerë/ 2,70 m e lartë, ndodhet e zhvendosur nga mesi i kurtinës perëndimore. Hyrja e mbuluar me hark të rremë mbyllej me një portë-kullë e cila lëshohej në kanalin e saj (19,5 x 15 cm) nga kati i dytë i ambienteve.
Muret e kurtinave (1,60 m), të mbështetura mbi themele (2,50 m) përbëhen prej dy këmishëve dhe emplectonit. Muret e kullave (1 m) përbëhen prej dy blloqesh gjatësorë, të shkëmbyer me blloqe të vendosur tërthor. Muratura është izodomike, me blloqe drejtkëndësh prej guri gëlqeror (0,4-2,5 m kryesisht 1,3 m x 0,37-0,42 m). Faqja e jashtme është e mysët, e punuar ashpër, ndërsa faqet e bashkimit të latuara. Fugat vertikale nga njëherë pjerren lehtë dhe mjaft rrallë vërehen kllapëzime. Skajet e kullave janë pajisur me vija peshimi ndërsa meset e kurtinave me kanale peshimi. Nga ana e brendshme e kurtinave muratura është më e dobët dhe blloqet kanë përmasa më të vogla dhe faqe të rrafshëta.
Trajtimi dhe përmasat e oborrit të brendshëm (8 x 8 m) është i njëjtë me oborret peristile të banesave. Sasia e madhe e tullave (43 x 21 x 8 cm), solenëve dhe kalypterëve tregon se kthinat përreth oborrit ishin ndërtuar me mur tulle dhe mbuluar me çati tjegulle. Sipërfaqja e përgjithshme e kthinave (kat i 1 dhe i 2) prej rreth 180 m2 i përgjigjet një gamizoni rreth 50 vetësh. Prej tyre kthinat e katit të parë shërbenin vetëm për qëndrim, ndërsa ato të katit të dytë për qëndrim dhe luftim.
Në shek. 1 p.e.sonë. fortifikimi kthehet në bërthamën e një vila rusticae e cila shfrytëzon ambientet e fortifikimit të parë duke shtuar 9 ambiente të reja me karakter utilitar. Ndërtimi i ri i kësaj faze ka një planimetri drejtkëndëshe (1012 m2) me fasadën të orientuar nga jugu. Në qendër të kësaj ane gjendet hyrja e re. Muret anësorë (0,8 m) janë ndërtuar me blloqe guri si të fortifikimit të parë, por të latuar keq, ndërsa ndarjet (0, 5 m) me gurë dhe rrasa të vogla. Muret kanë qenë të suvatuar ndërsa dyshemeja e mbuluar me dhe ose rasa. Arkitektura grosolane tregon për një ndërtim utilitar, pa vlerë të veçantë arkitektonike.
Qeramika e fazës së parë (pytosa, amfora, skifose, kandila) daton në shek. 3-2 p.e.sonë. Prej 9 monedhave (Lidhje Epirote, Korkyrë, Apoloni, Foinike) më të hershmet, Zeus-rrufe, janë të lidhjes Epirote (234-168 p.e.s.). Veçoritë teknike (qemeri i rremë, kati i parë i zbrazët i kullave, oborri peristil) janë karakteristike për kapërcyellin shek. 4-3 p.e.sonë.
Monedhat e fazës së dytë nisin me Trajanin (98-117) dhe mbarojnë me Dioklecianin (284-313) duke na dhënë përkatësisht terminus ante quem-in dhe terminus post quem-in e kësaj faze. Po kësaj periudhe i përket dhe qeramika.
Fortifikimi i Malathresë nuk është i llogaritur për sulme të forta me makina ushtarake. Pozicioni afër rrugës, në dëm të mbrojtjes natyrale, si dhe përmasat e kufizuara e tregojnë atë postbllok për kontrollin e rrugës.
Në shek. I fortifikimi kthehet në një villa rustica. Identifikimi saj me Amalthean e Pompon Atikut (Cicero Epistolae ad Atticum) nuk qëndron për nga arkitektura dhe përmasat e saja. Jeta në këtë qendër merr fund rreth shek. IV.