Krahas klerikëve shekullarë ishin edhe murgjit. Manastiret e qyteteve në krahasim me ato të krahinave, sidomos të benediktinëve, ishin modeste; megjithatë qytete të veçanta, sidomos Durrësi, kishin një numër të konsiderueshëm kuvendesh. Në të vërtetë ngulimet e të dy urdhrave të lypsarëve ishin themeluar qysh herët në shekullin 13. Françeskanë si Johannes de Plano Carpini, arkipeshkv i Tivarit (1249-1252) dhe dominikani Vilhem Adae në shekullin 14 bëjnë pjesë në figurat më të shquara të historisë kishtare të Arbërisë. Në Ulqin, pjesë e provincës urdhnore të Hungarisë, kishin ardhur dominikanë prej Raguze në vitin 1258; prej këtu ata mbërritën në Shkodër, ku kishin kishë të tyre në shekullin 15, atë të Shën Ilias. Kuvendi i Durrësit (prej vitit 1278) vendosi lidhje të ngushta me derën fisnike të Topiajve dhe e ushtroi veprimin e vet mbi gjithë Arbërinë e mesme. Rreth vitit 1400 murgjit ishin aktivë në tregtinë e kripës dhe gëzonin çlirim taksor në shkallë të gjerë “ut habe- ant causam orandi deum pro bono statu nostro, et dejfensione dicte terre ad honorem nostrum”, sikurse dëshironin venedikasit. Françeskanët hynë në Arbëri po ashtu prej Raguze dhe ia nënvendosën kuvendet e Kotorit, Tivarit, Ulqinit dhe Durrësit mbikëqyrjes së Raguzës, “custodia Ragusina”. Pati tensione me klenkët shekullarë më 1391 në Shkodër.