Butroti ka katër pjesë kryesore: akropolin, në pjesën më të lartë, ku gjendet edhe muzeu; qytetin, që shtrihet kryesisht nga ana veriore, me pamje nga liqeni; agoranë, në pjesën e ulët në anën jugore dhe nekropolin në shpatin e kodrës përballë, në anën perëndimore.
Pjesën më të lashtë të qytetit e përfaqëson akropoli, ku gjendet një fortifikim i mesit të shek. VII p.Kr. me sipërfaqe 0.7 ha. Mbi bazën e tij u formua qyteti i mirëfilltë rreth fundit të shek. V p.Kr., i rrethuar me një mur prej blloqesh të mëdha poligonale e trapezoidale, me gjatësi 700 m.
Zona më e banuar e Butrotit gjatë gjithë ekzistencës si qytet shtrihej kryesisht në shpatin verior të kodrës, ndërsa nga jugu, në periudhën antike ishte veçuar me një mur ndarës (diateihisma) një zonë shoqërore (agora) me faltoren e Asklepit, teatrin, prytaneionin, etj. Kjo pjesë komunikonte drejtpërdrejt me bregun e kanalit nëpërmjet një hyrjeje, ndërsa zona e banuar arrihej nëpërmjet katër hyrjeve të tjera.
Ky fortifikim u ruajt me pak riparime deri në shek II para Kr., kur iu shtua dhe një hyrje tjetër në drejtim të një ure të mundshme druri në fillim të kanalit. Qyteti duhet të ketë pasur në ato kohë jo më shumë se 3000 banorë. Në periudhën romake qyteti pati zgjerimin më të madh, duke mbuluar të gjithë hapësirën që ndante agoranë nga kanali, ndërsa një lagje e tij u zhvillua përtej kanalit.
Pothuaj e gjithë linja e fortifikimeve të periudhave të ndryshme në akropol mbështetet në fortifikimin e shek. VII dhe V p.Kr. Pjesa më e ruajtur e murit të shek. V p. Kr. gjendet në mesin e anës verilindore të kodrës, ku ruhet edhe një hyrje me gjerësi 2.30 m. Ky mur dallohet nga linja zigzage dhe blloqet e mëdha gëlqerore të punuara trashë. Më tej, drejt lindjes, mund të ndiqen edhe gjurmët e një muri më të hershëm, me teknikë më primitive, të datuar nga fundi i shek. VII p.Kr.
Muri kryesor i qytetit ka qenë ndërtuar rreth fillimit të shekullit IV p.Kr. Pjesa më e ruajtur e tij gjendet pranë portës Skea dhe është ndërtuar me blloqe të mëdha me forma trapezoidale. Gjerësia prej 3.50 m e murit përbëhet nga dy parete dhe mbushja prej gurësh të papunuar. Blloqe të stërgjatur (diatone), që dallohen lehtësisht në fasadë nga përmasat më të vogla e largësitë e rregullta, shërbejnë për të lidhur paretet me mbushjen. Një periudhë të dytë ndërtimi, që datohet në mesin e shekullit III p.Kr., përfaqësohet nga Porta me Kulla dhe nga disa trakte muresh pranë Portës së Luanit, të cilat karakterizohen nga përdorimi i blloqeve gëlqerore me përmasa më të vogla e rreshta të rregullt.
Muri rrethues i qytetit ndiqet në tërë gjatësinë e tij që nga këndi jugperëndimor i agorasë, ku ruhet një bastion me gjerësi 7 m dhe gjatësi 17 m. Në anë të tij fillonte edhe muri ndarës (diateihisma) që e veçonte agoranë nga qyteti. Përballë tempullit të Asklepit gjendet Porta e Agorasë me gjerësi 2.80 m. Në shek. II p.Kr. u ndërtua një oborr para saj, me një hytje të re, me gjerësi 2.66 m, të mbuluar me hark.
Vazhdimi i murit rrethues në drejtim të lindjes nuk ndiqet, sepse ka qenë shkatërruar nga ndërtimet e kohës romake, por dallohet në shpatin përballë diateihisma, që kalon mbi prytaneionin, tempullin e Asklepit (Eskulapit) dhe mbi teatrin.
I gjithë krahu verior i murit rrethues të Butrotit zgjatet buzë liqenit, duke pasur në këtë anë edhe tri nga gjashtë portat kryesore. Dendësia e hyrjeve lidhet pa dyshim me prezencën e portit në këtë anë të liqenit si dhe orientimin e vetë lagjeve të qytetit.
Porta Skea ruhet plotësisht me korridorin e hyrjes me gjatësi 8.50 m dhe gjerësi 2.10 m, i cili mbulohet në lartësinë 5 m nga arkitrarë guri që peshojnë mbi komiza konsolash.
Porta e Luanit ruan të plotë korridorin antik me gjatësi 4.30 m dhe lartësi 3.40 m, i cili mbulohet nga arkitrarë guri të vendosur mbi konsola, njëlloj si te porta Skea. Në ndryshim me Portën Skea, që përsëriste një skemë të hershme ballore, Porta e Luanit paraqet një nga përdorimet më të hershme të skemës tërthore, e cila bëhet zotëruese në fortifikimet e periudhës së ekspansionit molos (380-350 p.Kr.) si në Çukën e Ajtoit, Foinike, Bylis etj. Një tip porte tërthore përfaqëson edhe Porta Veriore, ndërsa Porta Perëndimore ka qenë ndërtuar sipas skemës së Portës Skea, me pamjen ballore dhe me një bastion në krahun e majtë të hyrjes.
Porta me Kulla. Në gjysmën e dytë të shek. III p.Kr. në murin rrethues të anës lindore ka qenë inkastruar një portë e përforcuar me dy kulla, njëra katërkëndëshe dhe tjetra në formë patkoi dhe ndahet nga brenda në dy ambiente për rojet. Kulla tjetër ka formë të thjeshtë katërkëndëshe. Korridori i hyrjes me gjatësi 7 m dhe gjerësi 1.60 m, ndërpritej nga dy porta: e para ballore, me ngritje vertikale, dhe e dyta që hapej horizontalisht. Një portëz sulmi gjendej pas kullës katërkëndëshe.
Gjatë pushtimit të Butrotit nga ushtria e Cezarit në vitin 48 p. Kr. duket se ka pasur një rindërtim të pjesshëm të murit rrethues. Në zonën e agorasë u përdorën për këtë qëllim materiale nga ndërtesat shoqërore. Në ndërtimin e një kulle u përdorën 105 mbishkrime që datohen nga mesi i shek. II deri në mesin e shek. I p.Kr., kur Butroti ruante ende statusin e qendrës së koinonit, para se të kthehej në koloni romake.
Porta Skea ruhet plotësisht me korridorin e hyrjes me gjatësi 8.50 m dhe gjerësi 2.10 m, i cili mbulohet në lartësinë 5 m nga aritrarë guri që peshojnë mbi korniza konsolash.
Porta e Luanit ruan të plotë korridorin antik me gjatësi 4,30 m dhe lartësi 3,40 m, i cili mbulohet nga arkitrarë guri të vendosur mbi konsola, njëlloj si porta Skea. Në ndryshim me Portën Skea, që përsëriste një skemë të hershme ballore, Porta e Luanit paraqet një nga përdorimet më të hershme të skemës tërthore e cila bëhet zotëruese në fortifikimet e periudhës së ekspansionit ,pëps (380-350 p.Kr) si në Çukën e Ajotit, Foinike, Bylis etj. Një tip porte tërthore përfaqëson edhe Porta Veriore, ndërsa Porta Perëndimore ka qenë ndërtuar sipas skemës së Portës Skea, me pamjen ballore dhe me një bastion në krahun e majtë të hyrjes.
Është një nga ndërtimet antike më të ruajtura. Shkallarja e tij, e ndërtuar me gurë të punuar, është vendosur brenda një katrori me brinjë 28.50 m (njëqind këmbë epirote), të kufizuar nga mure anësore të përforcuara me kontrafortë, sipas një modeli të njohur nga teatri i Dodonës. Shkallarja ndahet në pesë kerkide nga gjashtë shkallë të ngushta. Ndenjëset e proedrisë, janë punuar me këmbë luanësh. Ndenjëset e tjera kanë lartësi të barabartë prej 0.42 m dhe gjerësi 0.74 m, ku dallohet vendi i këmbëve, më i thelluar. Ka pasur gjithsej 23 radhë ndenjësesh, të ndara nga një diazoma, që ofironin një kapacitet për rreth 2500 spektatorë.
Në periudhën romake kanë qenë shtuar edhe dy galeri në të dy anët e shkallares, për të lehtësuar lëvizjen e spektatorëve për në vendet e tyre sipas sistemit romak.
Orkestra ka formën e treçerekrrethit dhe ka qenë veshur me pllaka në kohën romake. Proskena ka qenë mbuluar nga pulpitum i kohës romake. i cili zbukurohet me gjashtë nishe gjysmërrethore të veshura dikur me mermer shumëngjyrësh. Balli i skenës (frons scenae) ngrihej mbi një bazament blloqesh të punuara si një mur me tri harkada dhe gjashtë nishe, të veshura dikur me mermer shumëngjyrësh dhe të zbukuruara me skulptura. njëra prej të cilave ka qenë Dea e Butrintit.
Hyrja në teatër bëhej nëpërmjet korridoreve anësore (parodoi). Muri mbajtës (analema) i korridorit perëndimor, i cili lidhej me tempullin e Asklepit, është përdorur për publikimin e 29 akteve për lirim skllevërish, që datohen pas ndërtimit të teatrit, kryesisht pas krijimit të koinonit të Prasaibëve rreth vitit 163 p.Kr. Mbishkrime të tjera, më të hershme, janë gdhendur në murin e diazomës së teatrit. ndërsa një mbishkrim kushtues për teatrin gjendet në radhën e parë të ndenjseve.
Teatri i Butrotit ka qënë ndërtuar në gjysmën I të shek. III p.Kr., ndërsa skena e tij u rindërtua në gjysmën I të shek. II m. Kr. Gjatë gërmimit të tij u zbuluan një grup skulpturash. Më e njohura dhe e ashtuquajtura “Dea e Butrintit”, që përbëhej në fakt nga koka e Apollonit, e cila ishte vendosur mbi një shtat gruaje të shek. II m.Kr. Pranë saj qëndron nga cilësia edhe portreti i strategut romak Agripa, mik i ngushtë e dhëndër i Augustit, si dhe një kokë mermeri e vetë Augustit. Pothuaj i plotë u zbulua shtati i një gruaje, ndoshta një nga muzat e lidhura me teatrin, e cilësuar nga Ugolini si Herkulania e Madhe. Gjithashtu, u gjetën edhe dy shtate identike strategësh të shek. I p.Kr., nga të cilët njëri mbante edhe emrin e skulptorit Sosikles nga Athina.
Në krah të majtë të teatrit gjendet faltorja e Asklepit e ndërtuar në fillim të shek II m.Kr. Ka formën e një godine katërkëndëshe 8.80 x 6.15 m të mbuluar me një qemer masiv me lartësi 3.85 m. Përsëritje e një modeli më të hershëm, faltorja kishte dy ndarje. E para, në funksionet e një pronaosi, ndriçohej nga dy dritare me harqe në anët e portës. Ndarja e dytë përbënte naosin. Një mbishkrim i kushtuar nga prifti i Asklepit, dëshmonte se tempulli i përkiste perëndisë së shëndetit.
Në këndin verior të naosit, një dritare e vogël krijonte lidhjen me burimin e shenjtë të Asklepit, i cili ruan veshjen me gurë të mëdhenj të punuar trashë nga një periudhë më e hershme. Rreth 340 sende qeramike, kryesisht kantarë, të cilët datohen në mesin e shek. III p.Kr., u gjetën brenda burimit nga Ugolini. Ishin kushtime që i përkisnin një tempulli më të lashtë të tipit prostil, prej të cilit, përveç nishes, janë ruajtur edhe themelet e hershme.
Një tempull i vogël ka qenë ndërtuar rreth mesit të shekullit III p.Kr. në shkëmbinjtë mbi faltoren e Asklepit, në të njëjtin aks përballë hyrjes kryesore të agorasë. Tempulli ishte i tipit prostil, me një volum të thjeshtë paralelpiped me gjatësi 10.80 m, gjerësi 6.48 m dhe lartësi rreth 7 m dhe përsëriste modelin e tempullit të Asklepit, apo të tempujve më të hershëm të Dodonës.
Ruhet relativisht mirë naosi me përmasa 7.28 x 6.48 m dhe bazamenti i skulpturës së perëndisë, së cilës i kushtohej tempulli. Vendosja pranë teatrit mund të presupozojë për identifikimin e tij me Dionisin. Tempulli ka vazhduar të përdoret edhe në periudhën romake, duke shtruar me mozaikë dyshemenë e naosit.
Në perëndim të tempullit të Asklepit, sheshi i shtruar me pllaka të mëdha gëlqerore ka qenë kufizuar në shek. III p.Kr. me një ndërtesë katërkëndëshe me përmasa 13.90 x 13.76 m. Qendrën e saj e zinte oborri katërkëndësh 5.90 x 4.85 m, që qarkohej nga një kolonadë jonike. Peristili i krijuar rreth tij, në formën e një korridori me gjerësi 3.90 m, përbënte të vetmen hapësirë të ndërtesës, e cila komunikonte nga lindja me sheshin. Kjo formë e thjeshtë e monumentit sugjeron edhe funksionin e parë të ndërtesës si një prytaneion. Ndërtimi i saj lidhet me periudhën e autonomisë së Koinonit të Prasaibëve, duke qenë seli e strategut të koinonit. Në shekullin I p.Kr. ndërtesa është transformuar, duke u ndarë në disa ambiente me mure të teknikës tipike romake opus reticulatum. Një mbishkrim i madh latin me gërma bronzi, dikur të fiksuara mbi pllakat para ndërtesës, lidhet me emrin Domitius Ahenobarbus Ero dhe e lidh rindërtimin e prytaneionit dhe shtrimin e sheshit me kontributin e këtij personi midis viteve 16-12 p.Kr.
Rrëzë shkëmbit, në krahun lindor të teatrit, ruhet një stoa, si pjesë e kompleksit të periudhës helenistike. Ai kishte një gjatësi 30.50 m dhe gjerësi 4.60 m, me një sallë të vetme, e cila komunikonte përmes katër hyrjeve me harqe të rreme. Trajtimi i thjeshtë i ambientit lidhet me funksionin e saj si një stoa për pelegrinët që vizitonin tempullin e Asklepit. Gjatë ndërtimit të teatrit në mesin e shek III p.Kr., pjesa më perëndimore e stoas u prish nga muri mbajtës i shkallares, por pjesa tjetër ruajti funksionin fillestar.
Hyrja e teatrit nga lindja lidhej me një rrugë 12.30 m të gjerë me dy bordura prej pllakash guri që kufizojnë pjesën qendrore të rrugës me gjerësi 3.35 m nga dy trotuare pothuaj të barabartë. Gjurmët e ruajtura mbi bordurat tregojnë se ato kanë shërbyer për vendosjen e statujave dhe mbishkrimeve.
Në jug të rrugës ceremoniale gjenden termet e ndërtuara gjatë shekullit II - III m.Kr. Është zbuluar vetëm pjesa veriore e monumentit me tepidarium-in me përmasa 7.20 x 6.40 m., i cili dallohet nga sofatet në anën e sallës për uljen e njerëzve. Nëpërmjet një hyrje në murin jugor kalohej për në caldarium (9.70 x 6.70 m), me dyshemenë e ndërtuar mbi kolona tullash (hypocaust). Një eksedër kufizonte vaskën me ujë të nxehtë, ndërsa një hyrje në murin verior komunikonte me laconicum. Një portë e dytë në murin verior komunikonte me një sallë të madhe 9.65 x 9.15 m të rrethuar nga sofate me veshje mermeri, për ulje, dhe të shtruar me mozaik bardhezi me motive gjeometrike, që shërbente si frigidarium.
Në lindje të teatrit shtrihet një banesë e madhe e tipit me atrium, me oborrin katror 12.50 x 13.50 m të rrethuar me një peristil prej 12 kolonash jonike. Impluvium-i është i shtruar me pllaka të mëdha guri dhe ka pranë këndit veriperëndimor një sterë ku mblidheshin ujrat e çatisë. Nga lindja, ku gjendej edhe hyqa përmes një salloni, ishin vendosur katër kthinat më të mëdha, të cilat pasohen nga tri kthina më të ngushta në anën jugore, të gjitha këto ambiente qëndrimi apo fjetjeje. Pjesa perëndimore e oborrit kufizohej me një radhë kthinash me funksion shërbimi.
Megjithë pamjen monumentale ndërtesa ka një trajtim të thjeshtë të ambienteve dhe ka qenë pëdorur si një hotel publik në raste festash për të ftuarit apo aktorët. Ajo ka qenë ndërtuar në shek. II m Kr., duke pasur një përdorim deri në shek. IV m. Kr.
Zona shoqërore vazhdonte drejt lindjes me një ndërtesë të ngritur mbi një podium me shkallë monumentale të orientuara nga sheshi i agorasë. Ndarja në tri pjesë e hapësirës së brendshme dhe gjetja e një mbishkrimi latin kushtuar Minervës, e cilëson monumentin si një kapitolium.
Ndërtesa monumentale ka qenë cilësuar nga zbuluesi i saj, P. Markoni, si gimnaz për shkak të një një salle të madhe, një lloj palestre me përmasa 25 x 12.30 m, që zinte pjesën qendrore të saj. Salla ka qenë shtruar pjesërisht nie mozaik me panele me figura, nga të cilat ruhej ajo e një derri të egër.
Në qendër të sallës ka një nymfë të vogël me një basen që ka shërbyer si një lloj frigidarium. Muri verilindor i nymfeut është trajtuar me tri nishe të veshura me mozaik, ku paraqitet fytyra e Dionisit me dy kantarë me degë hardhie si simbole të tij. Katër kthina të tjera komunikonin nëpërmjet dyerve me sallën qendrore. Ndër ta vetëm kthina veriore ka qenë shtruar me mozaik me motive gjeometrike mbi hypokaust. Gimnazi përfaqëson një ndërtim të karakterit publik të realizuar në shek. II m.Kr., kur forumi romak, i ndërtuar në hapësirën e agorasë antike, doli jashtë murit të dikurshëm të qytetit.
Nymfeu, përveçse një ndërtim dekorativ, ishte njëkohësisht një depo shpëmdarjeje uji. Si i tillë ai u ngrit në pikën ku akuadukti i ndërtuar që në kohën e Augustit dhe Neronit, kaloi kanalin nëpërmjet një ure, për t’u futur në Butrot në gjysmën I të shek, II m. Kr, këmbët e harqeve që ndiqen pa ndërprerje nga burimet pranë fshatit Xarë nëpër fushën e Vrinës, si dhe një depozitë e madhe uji në afërsi të kanalit. Ndërtimi i këmbëve të ujësjellësit ka qenë bërë me opus mixtum. Akuadukti në monedhat prej bronzi të Butrotit të periudhës së Augustit dhe Neronit lidhet me kohën e ndërtimit të monumentit. Në fillim të shek. II m. Kr. ai e kaloi kanalin nëpërmjet një ure, duke fumizuar qytetin e Butrintit.
Në bregun lindor të liqenit të Butrintit është gërmuar një vilë e madhe romake e shek. I-II m. Kr„ e cila ka qenë ndertuar në trojet e një vile me të hershme të periudhës helenistike.
Vila shtrihet në një sipërfaqe prej rreth 2000 m katorë, e vendosur në terraca që zbresin në faqen e kodrës drejt bregut të liqenit. Ambientet kryesore, të pajisura me hypokaust, zënë pjesën jugore të vilës, ndërsa ato veriore ishin ambiente shërbimi. Vila ka qenë e lidhur kryesisht me administrimin e pronave dhe mungojnë mozaikët dhe zbukurimet arkitektonike.
Punime konservimi kanë siguruar qëndrueshmërinë e strukturave dhe zona është e hapur për vizitorët.
Nga veriu territori i Prasaibëve mbrohej nga një fortifikim që ndërpriste kalimin nëpër gadishull, atje ku ai fillon midis liqenit dhe detit . Gjurmët e këtij muri dallohen më të qarta në perëndim të Manastirit të Shën Gjergjit, ku duket të ketë qenë edhe hyrja. Deri në buzë të detit muri zbret me një gjerësi 9.60 m, i ndërtuar me blloqe guri të mëdhenj katërkëndësh. Gjerësia e tij shërbente edhe për kalimin dhe qëndrimin e luftëtarëve. Fortifikimi paraqet një ndërtim të shek. V p.Kr.
Varreza e qytetit ka qenë vendosur në qafën që e lidh kodrën e Butrotit me gadishuJim e Ksamilit, në dy anët e rrugës kryesore që vinte nga perëndimi. Janë gërmuar kryesisht varre të periudhës romake të tipeve me uma, apo me vendosje trupi në një arkë me pllaka guri.