Muri kryesor i qytetit ka qenë ndërtuar rreth fillimit të shekullit IV p.Kr. Pjesa më e ruajtur e tij gjendet pranë portës Skea dhe është ndërtuar me blloqe të mëdha me forma trapezoidale. Gjerësia prej 3.50 m e murit përbëhet nga dy parete dhe mbushja prej gurësh të papunuar. Blloqe të stërgjatur (diatone), që dallohen lehtësisht në fasadë nga përmasat më të vogla e largësitë e rregullta, shërbejnë për të lidhur paretet me mbushjen. Një periudhë të dytë ndërtimi, që datohet në mesin e shekullit III p.Kr., përfaqësohet nga Porta me Kulla dhe nga disa trakte muresh pranë Portës së Luanit, të cilat karakterizohen nga përdorimi i blloqeve gëlqerore me përmasa më të vogla e rreshta të rregullt.
Muri rrethues i qytetit ndiqet në tërë gjatësinë e tij që nga këndi jugperëndimor i agorasë, ku ruhet një bastion me gjerësi 7 m dhe gjatësi 17 m. Në anë të tij fillonte edhe muri ndarës (diateihisma) që e veçonte agoranë nga qyteti. Përballë tempullit të Asklepit gjendet Porta e Agorasë me gjerësi 2.80 m. Në shek. II p.Kr. u ndërtua një oborr para saj, me një hytje të re, me gjerësi 2.66 m, të mbuluar me hark.
Vazhdimi i murit rrethues në drejtim të lindjes nuk ndiqet, sepse ka qenë shkatërruar nga ndërtimet e kohës romake, por dallohet në shpatin përballë diateihisma, që kalon mbi prytaneionin, tempullin e Asklepit (Eskulapit) dhe mbi teatrin.
I gjithë krahu verior i murit rrethues të Butrotit zgjatet buzë liqenit, duke pasur në këtë anë edhe tri nga gjashtë portat kryesore. Dendësia e hyrjeve lidhet pa dyshim me prezencën e portit në këtë anë të liqenit si dhe orientimin e vetë lagjeve të qytetit.
Porta Skea ruhet plotësisht me korridorin e hyrjes me gjatësi 8.50 m dhe gjerësi 2.10 m, i cili mbulohet në lartësinë 5 m nga arkitrarë guri që peshojnë mbi komiza konsolash.
Porta e Luanit ruan të plotë korridorin antik me gjatësi 4.30 m dhe lartësi 3.40 m, i cili mbulohet nga arkitrarë guri të vendosur mbi konsola, njëlloj si te porta Skea. Në ndryshim me Portën Skea, që përsëriste një skemë të hershme ballore, Porta e Luanit paraqet një nga përdorimet më të hershme të skemës tërthore, e cila bëhet zotëruese në fortifikimet e periudhës së ekspansionit molos (380-350 p.Kr.) si në Çukën e Ajtoit, Foinike, Bylis etj. Një tip porte tërthore përfaqëson edhe Porta Veriore, ndërsa Porta Perëndimore ka qenë ndërtuar sipas skemës së Portës Skea, me pamjen ballore dhe me një bastion në krahun e majtë të hyrjes.
Porta me Kulla. Në gjysmën e dytë të shek. III p.Kr. në murin rrethues të anës lindore ka qenë inkastruar një portë e përforcuar me dy kulla, njëra katërkëndëshe dhe tjetra në formë patkoi dhe ndahet nga brenda në dy ambiente për rojet. Kulla tjetër ka formë të thjeshtë katërkëndëshe. Korridori i hyrjes me gjatësi 7 m dhe gjerësi 1.60 m, ndërpritej nga dy porta: e para ballore, me ngritje vertikale, dhe e dyta që hapej horizontalisht. Një portëz sulmi gjendej pas kullës katërkëndëshe.