Kërkimet arkeologjike kanë përcaktuar në përgjithësi itinerarin e rrugës Egnatia në territorin e Shqipërisë. Dega kryesore e saj që nisej nga Dyrrahu, kalonte afërsisht në drejtimin e rrugës së sotme automobilistike. Stacioni i parë, Clodiana, përgjithësisht është identifikuar me Peqinin, por duhet të jetë më në lindje, pranë Bishqemit, ku mund të takohej me rrugën që vinte nga Apolonia. Stacioni i dytë, Ad Quintum, përkon me kompleksin e termeve dhe nymfeut romak në Bradashesh. Rruga vazhdonte drejt Scampis (Elbasani), pak më në veri se rruga automobilistike dhe pothuaj përputhej me trasenë moderne deri në stacionin Treiecto, apo Genesis fl., pranë fshatit Mirakë, ku fillojnë ngushticat e lumit Shkumbin. Pasi kalonte lurain, rruga ngjitej në kurrizet e kodrave në bregun e majtë të tij deri në lartësinë rreth 600 m në shpatin e malit të Polisit, për të dalë në qafen e Gajorit, pranë fshatit Babje, që përkon me stacionin Ad Dianam apo Grandavia. Pasi ndiqen për rreth 20 km në një tarracë të vjetër lumore. gjurmët e rrugës zbresin për të kaluar përsëri Shkumbinin në fshatin Qukës, ku gjendej stacioni Tres Tabemas, apo In Candabia. Këtu gjurmët e rrugës antike kryqëzojnë trasenë moderne dhe ngjiten drejt fshatit Pishkash dhe Rrajcë (stacioni Pons Servili), për të dalë në Qafën e Thanës, rreth 2 km në veri se rruga e sotme automobilistike, ku gjendej stacioni Clavdanon.
Dega më e hershme e rrugës Egnatia ishte ajo që fillonte nga Apolonia, për të vazhduar rrëzë kodrave deri në Fier e Marinëz, ku gjendej stacioni Stefanaphana. Më tej përshkonte fushën në perëndim të Roskovecit, për të kaluar lumin Apsos (Semani) në Kuç. Gjurmët e rrugës janë ndjekur përmes krahinës së Dumresë, në Kosovë, Murrizë, ku duhet të ndodhej stacioni Marusio, Qafeshkallë, për të dalë në luginën e Shkumbinit dhe për të kaluar lumin pranë Pajovës, ku duhet të bashkohej me rrugën që vinte nga Dyrrahu. Një drejtim më i hershëm, i cili kalonte pranë Gradishtës, për të dalë në Shalës, Murriqan dhe Topçias, është dëshmuar nga gjurmët e urave, si dhe nga vetë ura e madhe e Topçiasit mbi lumin Shkumbin, para se rruga të futej në Skampin.
Ka pasur edhe një rrugë direkte midis Dyrrahut dhe Apolonisë, të dëshmuar nga Tabula Peutingeriana, e cila shkëputej nga rruga Egnatia diku pranë Qerretit, për të ndjekur rrëzën e kodrave bregdetare dhe për të kaluar Shkumbinin(Genesis) raidis fshatrave Halilaj dhe Bishtçukës. Rruga vazhdonte përgjatë shpateve perëndimorë të kodrave deri në Babunjë, ku kalonte Apsin antik (Hapsum fl.). Më tej kalonte në Libofshë dhe Mbrostar, prej ku kthehej drejt jugut, për të takuar degën jugore të rrugës Egnatia diku pranë Fierit.
Studimet me karakter arkeologjik të pjesës perëndimore të rrugës Egnatia, janë mjaft më të vona se ato të pjesës lindore të saj. Përpjekja e parë u bë nga C. Praschniker dhe A. Schober që përshkruan urën antike të Topçiasit. Më pas C. Praschniker ndoqi trasenë e degës jugore të rrugës Egnatia që ishte ruajtur relativisht mirë në fushën e Roskovecit, si dhe trakte të rrugës midis Durrësit dhe Kavajës, së bashku me urën e Darçit. Gjurmime në terren për drejtimet dhe stacionet e rrugës Egnatia bëri edhe G. Veith në studimin e tij mbi luftën midis Cezarit dhe Pompeut në Iliri. Pas Luftës II Botërore ishte J. Adam që drejtoi vemendjen mbi rrugët antike në Shqipëri. Një vëzhgim i shkurtër arkeologjik-epigrafik mbi traktin e rrugës Egnatia nga Elbasani në Përrenjës i detyrohet L. Vidman. Mbi bazën e të dhënave epigrafike dhe gjurmimeve arkeologjike, H. Ceka përcaktoi edhe një degëzim të rrugës Egnatia, i cili, njëkohësisht, lidhte Apoloninë me Dyrrahun. N. Ceka dhe L. Papajani vëzhguan në terren traktin më të ruajtur të rrugës Egnatia nga Elbasani në Qafëthanë dhe botuan për herë të parë të dhëna mbi traktet, urat dhe stacionet e kësaj rruge. Gjithashtu ata gërmuan edhe termet dhe nymfeun e stacionit Ad Quintum në perëndim të Elbasanit. Vëzhgime të mëtejshme mbi teknikat e ndërtimit në rrugën Egnatia përgjatë luginës së Shkumbinit janë bërë nga V. Shtylla dhe L. Papajani. Një pjesë e këtyre të dhënave u shfrytëzuan edhe në Tabula Imperii Romani, K-34. Një punim i plotë historik-arkeologjik mbi rrugën Egnatia është realizuar nga M. Fasolo. Në dhjetëvjeçarin e fundit po bëhen kërkime sistematike përgjatë të dy drejtimeve të pjesës perëndimore të rrugës Egnatia.
Një rrugë transballkanike, që ndjek luginën e Shkumbinit, që prej kolonive të themeluara nga korkyrasit dhe korintasit në Epidamn-Dyrrah dhe në Apoloni të Ilirisë, deri në Lyknid (Ohër) dhe gjirin Termaik, Via Egnatia i ka paraprirë organizimit të kryer nga romakët, gjatë gjysmës së dytë të shekullit të dytë p.e.sonë. Data e ndërtimit të Via Egnatia përcaktohet në mënyrë të sigurtë midis krijimit të provincës romake të Maqedonisë, më 148, dhe vdekjes së Polibit rreth vitit 120; ky i fundit e ka njohur mirë, në fakt, këtë rrugë romake, për të cilën flet me saktësi dhe vërtetësi (Polibi XXXIV, 12, kumtuar nga Straboni, VII, 7,4). Ndërtuesi i saj duhet të ketë qenë prokonsulli Cnaeus Egnatius, i biri i Caius, emri i të cilit figuron në dy mbishkrimet që ruhen në muzeun e Selanikut dhe që kanë qenë gjetur jo larg tij, në bregun e lumit Galikos.
Themelimi në shekullin e VII p.e.sonë i kolonive të Epidamn-Dyrrhahut e pastaj të Apolonisë së Ilirisë, kishte për qëllim kontrollin nga korintasit dhe korkyrasit të shkëmbimeve me prapatokën ilire, sikurse e bën këtë të qartë funksioni i poletit (shitësi) në gjirin e qytetit të Epidamnit : “Roli i tij ishte të vizitonte barbarët, të fumizonte tregun dhe t’u jepte të gjithë qytetarëve mundësinë për të shitur” (Plutarku, Quaest. Graec. Nuk është rastësi që korintasit themelojnë, po në këtë kohë, koloninë e Potides, në mes të Palenes (Kasandreia) në Kalkidikë. Ata kontrollojnë të dy skajet e kësaj rruge transballkanike, si në perëndim dhe në lindje.
Shumë herët, Korinti pret një monedhë të bukur argjendi me simbolin e Pegazit, në një kohë që Korintia, ndryshe nga Atika, nuk ka fare minerale që të përmbajnë argjend. Pasuritë minerare, ato me plumb me përmbajtje argjendi, janë të mëdha në Dardani (Kosova e sotme) dhe këto do të bëjnë të mundur më vonë këtu prerjen e monedhave nga Damastioni. Ka të ngjarë që në këtë krahinë, në veri të rrugës transballkanike, korintasit të kenë siguruar mineralin që u duhej. Vazot prej bronzi të gjetura në varret e Trebenishtit janë me ndikime korintike dhe pasuria e princëve vendas bëhet e qartë nga përdorimi i maskave prej ari në Trebenisht sikurse dhe në Ohër (me zbulimin këtu të një maske prej ari në tetor të vitit 2002). Edhe prodhime të tjera mund të ishin me interes për korintasit dhe kolonitë e tyre që gjejnë gjithashtu një treg për prodhimet e tyre në të gjithë pjesën e brendshme të gadishullit.
Përmirësimi i rrugës nga pushtuesit romakë bëri që të rritet edhe më shumë roli i saj, në gjysmën e dytë të shekullit të II para Krishtit. Por, nuk duhet zmadhuar rëndësia e përdorimit të saj për këmbimet tregtare: në të vërtetë, via Egnatia është e destinuar kryesisht për të lehtësuar qarkullimin e mjeteve për lidhjet zyrtare midis Romës dhe provincave të saj: provinca e Maqedonisë që prej vitit 148, provinca e Azisë duke filluar nga viti 133, pasi mbretëria e Pergamit i u dhurua Senatit dhe popullit romak nga sovrani i fundit i saj, Atali i III. Vetë traseja e rrugës dëshmon për përdorimin e saj më tepër për postën perandorake se sa për transportet e mallrave shumë të rënda: rruga në më të shumtët e vendeve është në vijë të drejtë, gjë që krijon të tatëpjeta që duhen ngjitur dhe zbritur, të cilat përshkohen pa shumë vështirësi nga një kalorës, por kurrësesi nga karrocat e ngarkuara rëndë. Transporti detar mbetet e vetmja mënyrë ekonomike për këto mallra me vlerë të vogël për vëllimin e madh që zënë kolonive të Epidamn-Dyrrhahut e pastaj të Apolonisë së Ilirisë, kishte për qëllim kontrollin nga korintasit dhe korkyrasit të shkëmbimeve me prapatokën ilire, sikurse e bën këtë të qartë funksioni i poletit (shitësi) në gjirin e qytetit të Epidamnit : “Roli i tij ishte të vizitonte barbarët, të fumizonte tregun dhe t’u jepte të gjithë qytetarëve mundësinë për të shitur” (Plutarku, Quaest. Graec., 29). Nuk është rastësi që korintasit themelojnë, po në këtë kohë, koloninë e Potides, në mes të Palenes.
(Kasandreia) në Kalkidikë. Ata kontrollojnë të dy skajet e kësaj rruge transballkanike, si në perëndim dhe në lindje. Shumë herët, Korinti pret një monedhë të bukur argjendi me simbolin e Pegazit, në një kohë që Korintia, ndryshe nga Atika, nuk ka fare minerale që të përmbajnë argjend. Pasuritë minerare, ato me plumb me përmbajtje argjendi, janë të mëdha në Dardani (Kosova e sotme) dhe këto do të bëjnë të mundur më vonë këtu prerjen e monedhave nga Damastioni. Ka të ngjarë që në këtë krahinë, në veri të rrugës transballkanike, korintasit të kenë siguruar mineralin që u duhej. Vazot prej bronzi të gjetura në varret e Trebenishtit janë me ndikime korintike dhe pasuria e princëve vendas bëhet e qartë nga përdorimi i maskave prej ari në Trebenisht sikurse dhe në Ohër (me zbulimin këtu të një maske prej ari në tetor të vitit 2002). Edhe prodhime të tjera mund të ishin me interes për korintasit dhe kolonitë e tyre që gjejnë gjithashtu një treg për prodhimet e tyre në të gjithë pjesën e brendshme të gadishullit.
Përkundrazi, rruga është e përshtatëshme për lëvizjen e njerëzve: mund të mendohet se mesazhi i krishterë kalon nga Lindja në Perëndim pjesërisht nëpërmjet rrugës Egnatia; sigurisht, apostulli Pal udhëton nëpër det kur mbrin në Romë, por Irene dhe bashkëudhëtarët e vet mund të kenë arritur në Lion nëpërmjet këtij itinerari. Mbishkrimet mortore dëshmojnë për këtë kalim: kështu është rasti i varrit të Zotikut nga Prymnesi në Frigji që vdes në moshën pesëmbëdhjetë vjeçare në tokën e Maqedonisë (CIGIME I, 1, n° 58). Në Apoloni, kemi Aleksandrin nga Smirna, trembëdhjetë vjeç, që i është ngritur një stelë e gdhendur me kërkesën e prindërve të vet Jul Sekundi dhe Marcelina : sigurisht, ai ka vdekur në det, kur i nisur nga Apolonia duhet të mbrinte në bregun italian, dhe në Apoloni ai kishte ardhur në mënyrë të sigurtë nga rruga Egnatia {CIGIME, I, 2, n° 244). Në Maqedoni, disa varre përmendin gjithashtu udhëtarë që kanë vdekur duke përshkuar rrugën Egnatia : në Edesë, një stelë paraqet një karrocë me katër rrota, e zbuluar, e tërhequr nga katër kafshë dhe e drejtuar nga një burrë me pallto me kapuç ; përpara kafshëve, një derr që qendron në këmbë mbi të katër këmbët; prapa, një derr i shtrirë ; specialistët ndahen në ata që duan të shohin aty varrin e një derri, ardhur nga Dalmacia, nëpërmjet Dyrrahut dhe Apolonisë dhe që e kanë shtypur, dhe në të tjerë që preferojnë të shohin aty varrosjen e një burri, ndoshta një skllav i ri, që mban një emër kafshe ; disa sugjerojnë madje se mund të jetë fjala për një ushtrim të thjeshtë pedagogjik për mësimin e fëmijëve (CIGIME, I, n° 527). Shumë më i vërtetë, mbishkrimi pasues (n° 527 bis) që është një epigramë e krishterë e shekullit të III ose të IV p.e.sonë, me prejardhje nga Kariotisa, pranë Pelas. Ai ka qenë gdhendur nga Titos që ka varrosur së pari babanë e vet Kastrikios Filipos, vdekur pranë detit Jon dhe eshtrat e të cilit kanë qenë transportuar nga Dyrrahu, pastaj edhe të ëmën Hedea dhe së fundi të shoqen Klaudia Grapte që është nga Edesa.
Via Egnatia ka qenë mirëmbajtur rregullisht, sikurse dëshmon për këtë guri miliar i zbuluar pranë manastirit të Shën Mërisë në Apoloni (shih E. Deniaux, MEFRA, 1999, f. 167-189) që e daton atë në vitin e fundit të mbretërimit të Karakalës (midis dhjetorit 216 dhe prillit 217) dhe që përkon saktësisht me gurët e tjerë të shpëndarë nga Struga në Ohër, Selanik e Amfipol: perandori u interesua që ta rregullonte rrugën Egnatia në të gjithë itinerarin e vet, me rastin e kthimit të tij të parashikuar nga Azia e Vogël drejt Romës. Vrasja e tij nuk e bëri të mundur këtë kthim të lavdishëm, por është e qartë se rruga Egnatia vazhdon, në këtë fillim të shekullit të III, të dalë në Adriatik me të dy portet e Dyrrahut dhe Apolonisë.
Trakte të shkëputura të rrugës Egnatia, pas daljes nga Durrësi, janë vëzhguar midis Qerretit dhe Kavajës, ku karakterizohen nga traseja me gjerësi 6- 6.50 m, disa herë me bordure në të dy anët, dhe e veshur me plloça mesatare dhe të mëdha. E njejta rrugë është ndjekur në Kryeluzaj, në lindje të Kavajës, në Fatishë, në lindje të Peqinit dhe në Bradashesh, pranë stacionit Ad Quintum. Gjurmët e rrugës kapen përsëri në fshatin Mirakë, në lindje të Elbasanit, pas kalimit të Shkumbinit, ku duhet të ketë qenë stacioni Treiecto, ose Genesis fl.. Përveç gjurmëve të urave, dallohet qartë traseja, e cila i ngjitet me gjarpërim kurrizit të kodrës. Ajo ka qenë hapur në truallin flishor të kodrës dhe ka qenë veshur me plloça vetëm në trakte të veçanta. Rruga ndiqet në disa trakte me gjerësi rreth 6 m në vazhdimin e saj në shpatin e malit, ku ka qenë mbuluar pjesërisht nga një rrugë e hapur gjatë luftës italo-greke. Trase të ruajtura mirë të periudhës së hershme romake janë dëshmuar në pjesën kandave të rrugës: në Gurrat e Zeza, pranë fshatit Dardhë, rruga e shtruar me plloça ka gjerësi vetëm 1.20 m.
Midis Dardhës dhe Xhyrës rruga e shtruar me plloça ka gjerësi 4.30 m.
Një periudhë të dytë ndërtimi përfaqëson trakti i rrugës kandave midis Rrafjeve të Spatharës dhe Dardhës, me trasenë me gjerësi 6.70 m, të shtruar me plloça më të vogla, apo thjesht me çakull mbi tabanin shkëmbor. Po me këto karakteristika rruga ndiqet në trakte të shkëputura midis Xhyrës dhe Qukësit Skënderbej, si dhe në zbritjen e saj drejt lumit Shkumbin, pranë Qukësit, ku duhet të ketë qenë stacioni Tres Tabemas.
Clodiana është identifikuar me Peqinin nga gjetja e qeramikës romake në vendin ku gjendet kështjella e vonë mesjetar. Prezenca e një vendbanimi të madh të shek. I-III në fshatin Fatishë, mund ta zhvendosë atë stacion rreth 4 km në lindje të Peqinit, ndërsa pozicioni më i favorshëm për takimin me degën që vinte nga Apolonia, ende më në lindje, në fshatin Pajovë. Ad Dianam është identifikuar me Sarthën, në pjesën kandae të rrugës, ku ka një vendbanim të madh të shek. I-III e.sonë.