Kështjella e Shkodrës ngrihet mbi një kodër të vendosur në mes Bunës, Drinit e Kirit, Kodrës së Pashës dhe fushës së Mbishkodrës. Atë e përdorën për herë të parë ilirët, duke ndërtuar atë bërihamë, mbi të cilën u zhvillua më vonë kështjella, ashtu siç është sot. Vetë pozicioni i saj dëshmon se ndërtuesit e kanë zgjedhur me shumë kujdes, ashtu si kanë vepruar kur kanë ngritur qytezat e tyre, në pika strategjike, dominuese, në zona të rëndësishme kalimi, si tokësore ashtu edhe ujore. Gjurmët e ndërtimit ilir janë të dukshme në të hyrë të kështjellës, në vendin e hapur në mes portës së parë dhe të dytë si dhe në daljen nga porta në krahun e majtë ku ndodhen dy trakte. Blloqet e gurit tek këto dy porta kanë trajta të rregullta, dhe janë të skalitura për të lejuar një puthitje më të mire njëri me tjetrin. Duket se është mur i ndërtuar në periudhën e fundit ilire, para pushtimit romak. Gjithashtu u atribuohet ilirëve një mur guri pa llaç, me një faqe të dukshme, i mbuluar me dhe në faqen e jashtme të tij dhe që krijon një hendek të madh në krahun Veri Lindor, pra në pjesën më pak të mbrojtur nga natyra.
Forma, që ka sot kjo kështjellë nuk është më ajo ilire. Këtë duhet ta ketë marrë në shek. XIV dhe e ka ruajtur deri më sot, me gjithë rrënimet dhe ndryshimet që ka pësuar gjatë pesëqind vjetëve të sundimit turk.
Trajta e kështjellës është thuajse vezake, ndahet në tri oborre të rrethuara me mure të larta. Vetëm në faqen ku gjendet e vetmja portë hyrjeje, dhe kryesor-ja, kemi katër kulla mbrojtëse si dhe një hendek të gjerë dhe të thellë, sistem i cili shërben për të siguruar pjesën më të pambrojtur të kështjellës, pjesën Veri Lindore, që gjëndet përballë Kodrës së Pashës. Kurse në veri kemi tri kulla e në jug vetëm një.
Në kohën e rrethimit të dytë nga turqit (1478-1479) Marin Barleci vërteton se për mbrojtjen e portës së madhe «kishin ndërtuar një pyrg të lartë e të rrumbullaktë. . . ngjitë me atë pyrg ndodhej edhe një kullë tjetër pak më poshtë».
Për daljen nga kështjella dhe për komunikimin me jashtë, përveç portës kryesore, kishte edhe dalje të tjera të fshehta, të nëndheshme. Një prej tyre dilte në fund të kodrës, në krahun nga Buna, kurse një tjetër, me hyrje nga kulla që gjendet në jug të kështjellës, nxirrte nga Drini. Ende sot këto dalje shihen, por nuk janë të përshkueshme më, mbasi, pjesërisht, janë të shëmbura dhe paraqesin rrezik. Po ashtu kemi, poshtë portës së dytë kryesore, një dalje të fshehtë brenda hendekut në ballin Veri Lindor, me drejtim nga veriu, në mënyrë që të mos shihej nga armiku. Duket se kjo dalje komunikonte me sistemin mbrojtës të portës kryesore, në atë pjesë të oborrit të fortifikuar (barbacane) ku gjendej, sipas traditës, shtëpia e familjes së vjetër të Jonimëve. Për të ndërtuar sistemin mbrojtës të portës kryesore, në mes viteve 1403-1416, kjo familje qe shpronësuar.
Gjithashtu, ndërtesat brenda në kështjellë ishin të shumta dhe krijonin një rrjetë të dëndur rrugicash. Barleci shton:«të gjitha lagjet e qytetit, rrugë e rrugica. . . shtëpitë shembeshin; kishët rrafshoheshin». Nga kjo, rrjedhimisht, kuptojmë se para pushtimit turk aty kishte ndërtesa të ndryshme prej guri. Kur u dorëzua kështjella në vitin 1479, pjesa më e madhe e tyre ishte e shëmbur dhe këto nuk u ngritën më nga pushtuesi, i cili të gjithë kujdesin e kishte drejtuar tek veprat e fortifikimit. Gjetja e një kornize ndërtese, si dhe një kapitel me figura dragonjsh në reliev, që gjendet i ekspozuar në Muzeun popullor të Shkodrës, janë një dëshmi e sigurtë se ndërtesat në kështjellë nuk qenë të gjitha druri, siç mendohej më parë.
Kadasti venedikas i Shkodrës, i vitit 1416-1417, ndër të tjera, regjistron: «Një shtëpi pjesërisht me mur e pjesërisht me dërrasa me mbulesë patavrash», «një shtëpi përreth prej guri dhe e mbuluar me patavra», «një shtëpi prej dërrasash e mbuluar me patavra, etj. Kjo gjendje nuk ndryshon as rreth 60 vjet më vonë, më 1478-79, dhe nuk kishte si të ndodhte ndryshe, madje, për sa i përket mbulesës me patavra, Marin Barleci e thekson në disa raste se të rrethuarit «zgjodhën disa burra të fortë e të shkathët, të cilët u ngarkuan me detyrë që të zbulonin vetëm ato shtëpi të cilat kishin pullazin druri».
Ndryshim në mbulesë kishin ndërtesat që shërbenin si faltore dhe ndërtesat e fisnikëve; ato mund të kenë qenë të mbuluora me tjegulla, të cilat vinin nga jashtë, ose me pllaka guri. Për këtë bën fjalë vendimi i këshillit të vogël të Raguzës, me anën e të cilit më 20 qershor 1403 lejohet dërgimi në Shkodër i 5000 tjegullave për mbulesën e kishës katedrale të shën Shtjefnit. Me pllaka guri është mbuluar ndërtesa e kapitanerisë, që gjendet në pjesën më të thellë të kështjellës, kurse me qemerë janë të ndërtuara magazinat, depot, e ambiente të tjera të mbyllura, sterat e ujit të pijshëm (ndërtimi i të cilave, simbas dokumentave, i përket periudhës mbas vitit 1397) si dhe ai që sot quhet «burgu», pranë faltores, etj.
Ndoshta që në kohën ilire, qyteti filloi të shtrihej në fund të odës së kështjellës. Edhe qyteti mesjetar, si kështjella, qe i rrethuar me mure. Edhe sot shihen giurmët e tyre. Kjo pjesë e Shkodrës qe e banuar deri në vitin 1467. Në këtë vit, mbas një sulmi të një ushtrie të madhe barbarësh, si i quan Barleci turqit, u dogj, dhe shkodranët «u tërhoqën bashkë me famiIjet e veta brenda kështjellës» dhe «nuk u kujdesën më për rindërtimin dhe rimëkëmbjen e qytetit» duke parë se kështjella ishte vend më i sigurtë. Barleci nuk e përmend vitin e këtij sulmi, por këtë na e japin kronistët turq Tusun e Kemal Pashazade, të dhënat e të cilëve pajtohen me ato të humanistit tonë.
Restaurimet më të rëndësishme, të cilat kërkonin prej nesh një kujdes të veçantë, qenë porta kryesore e hyrjes në kështjellë, një portë anësore, që i përket grupit të oborrit të tretë, si dhe punime që kishin për qëllim forcimin dhe restaurimin e kishës. Punimet e tjera nuk parcqisnin ndonjë vështirësi të madhe mba-si përbëheshin nga punime plotësimi në mure të drej-ta, pa ndonjë veçanti arkitekturale, që të kërkonte, pikësëpari, një studim më të imtë të karakteristikave të saja, dhe një zgjidhje në konformitet me të.