Disa qindra metra jashtë portës kryesore të kështjellës, mbi rrugën e pazarit, qëndron akoma Xhamia e gjymtuar dhe e shfytyruar e Murad Beut. Përpara Revolucionit Kulturor ajo ishte Xhamia e Madhe e Krujës, siç ka qenë e tillë që në gjysmën e parë të shekullit XVI. Xhamia origjinale ka qenë ndërtuar në këtë vend në vitin 940 H (1533/34) nga njëfarë Murad Beu, djali i Nasuh Beut, që ka shumë mundësi të ketë qenë komandanti osman i kështjellës ose sanxhakbeu i Ohrit, në të cilin përfshihej sanxhaku i Krujës. Ndërtimi i një xhamie të madhe jashtë mureve të kështjellës është tregues i paqes relative të shekullit XVI dhe tregon rëndësinë e Islamit në këtë qytet, ashtu sikurse edhe vërteton faktin se sa shumë ishte zhvendosur qendra e gravitetit të Krujës nga kështjella për në hapësirën e pazënë në perëndim të saj, ku kishte vend të mjaftueshëm për zhvillim.
Siç shihet sot, xhamia është produkt i një restaurimi dhe madje edhe i një rikonstruktimi të plotë në gjysmën e parë të shekullit XIX. E gjithë ndërtesa ka përmasa 20.70m e gjatë dhe 9.90m e gjerë, por forma e saj është e parregullt. Meqë xhamia është e ndërtuar mbi një shpat, muri i majtë është pa dalje. Ndërtesa është e përbërë nga tre elemente të ndryshëm, një sallë faljeje relativisht e vogël (9.90, e gjerë tek muri i mihrabit dhe vetëm pak më e gjatë sesa gjerësia e saj), një minare e gjatë mbi një bazë katrore dhe një portik shumë i gjerë, më i gjerë se vetë xhamia. Salla e faljes është e ndriçuar nga dhjetë dritare, dy rreshta me nga dy dritare në murin e mihrabit dhe dy rreshta me nga tri dritare në murin jugor anësor. Hajati nuk është me portik, por është konceptuar si një sallë e mbyllur drejtkëndore. Muret e krejt ndërtesës janë karakteristikë e një periudhe më të vonë ndërtuese. Ato janë të bëra me gur të thyer rrënojash, të lidhur dhe të forcuar nga binarë të kryqëzuar me njëri-tjetrin, që vazhdojnë në të gjithë ndërtesën. Në pjesën e jashtme, muret e ashpra (pa cilësi) janë të suvatuara hollë dhe të lyera me ngjyrë të bardhë. Ndërtesa është e mbuluar me një çati pak të pjerrët, e cila ka ende tjegullat e saj të vjetra. Tani, forma e portikut është e prishur dhe në të është ngritur një punishte. Vetë salla e faljes, që ka një faqe të mbuluar me disa zbukurime të gdhendura, përdoret si depo.
Planimetria e kësaj xhamie, ashtu sikurse edhe muret, janë të tipit të vonë osman. Xhami të tilla si ajo e Beqarëve, xhamia e Ibrahim Pashës dhe xhamia e Bajazidit II në Berat, mund të na japin një ide se çfarë pamjeje kishin ndërtesat në Krujë përpara vitit 1967. Këto xhami në Berat i përkasin fundit të shekullit XVIII dhe fillimit të shekullit XIX. Përsa i përket planimetrisë dhe realizimit të saj, xhamia e Krujës u ngjan shumë këtyre, ashtu sikurse i ngjan edhe xhamia e Fatihut në kështjellën e Krujës, në formën e saj të rindërtuar në shekullin XIX.
Dy gurët osmanë të varrit, të cilët janë më të vjetrit të njohur në vend, janë zbuluar në Krujë. Njëri është i Davud Bin Ali Beut, i vitit 1567, kurse i dyti është i Nasuh Beut, djalit të Tahir Beut, që i përket vitit 1530. Djali i Nasuh Beut ka qenë Murad Beu, i cili, në vitin 940 H (1533/34) ndërtoi xhaminë në pazarin e Krujës. Emrat e ndërtuesit dhe babait të tij si dhe datat e ndërtimit të xhamisë kanë qenë të shkruar në një mbishkrim të vendosur në xhami.
Pas vitit 1967, ky mbishkrim dhe dy gurët e varrit u vendosën në një magazinë muzeumi. Mbishkrimi i vendosur në xhami tregonte se ndërtesa ishte “riparuar” në vitin 1253 (A.D.. 1837-38). Fjala “e riparuar” duhet të kuptohet si një rindërtim i plotë, sipas mënyrës së zakonshme osmane. Botimi i mbishkrimeve të përmendura, mbetet akoma një detyrë për të ardhmen.