Kjo xhami datohej nga mbishkrimi ndërtimor nv portën e hyrjes si 4 vitit 1822*1823 (1238 H). Për te tradita thote se ka qene ndërtuar mbi themelet e një xhamie më të vjetër, mundet mbi atë të Abdurahman Pashë Budës. e cila i takonte mesit të shek. XVII. Xhamia paraqiste një veçanti në ndërtimin njëherazi në të njëjtin vëllim të kullës së Sahatit.
Qyteti i Pëqinit u krijua si një qendër administrative gjatë shek. XVI, duke u bërë në shekujt që vijuan një qendër ekonomike dhe vend qëndrimi i mjaft familjeve të pasura të rajonit. Sipas regjistrit të vitit 1431 Peqini (Biklenet) numëronte nëntë shtëpi, të cilat shtohen duke arritur në 35 shtëpi në regjistrin e hollësishëm të vitit 1528, si timar i pjesëtarëve të garnizonit të kështjellës së Durrësit, ndërsa në vitin 1569-70 përmendet varoshi, pranë kalasë së Peqinit, që kishte rreth 217 shtëpi nga të cilat 140 ishin familje myslimane, 15 familje të krishtera, 60 beqar mysliman e 4 të krishterë. Kiel na tregon se kështjella ishte ndërtuar në kohën e Sulltan Sulejmanit, me shumë gjasë, gjatë viteve 1550-1560.
Peqinin e vizitoi dhe Evlia Çelebiu në vitin 1670, Sipas tij qyteti kishte 400 shtëpi në shtatë lagje, katër xhami, shtatë mesxhide, tri medrese, dy teqe dhe shtatë mejtepe. Çelebiu ia atribuon zhvillimin dhe pasurinë Peqinit faktit se prej andej ishte Agai i Jeniçerëve, Abdurrahman Pasha, më vonë guvernator i Egjiptit, Bagdadit dhe Budës, ku dhe vdiq, në betejën me trupat kristiane në vitin 1696. Në vitin 1666-67(1077H) ai ndërtoi një xhami të bukur, një medrese, një hamam, urën mbi Shkumbin, ujësjellësin dhe një teqe. Qyteti në atë kohë kishte 400 shtëpi në katër lagje. Sipas Çelebiut Peqini kishte dhe xhami të Hariz-Zadesë, e ndërtuar në vitin 1665-6 (1076H).
Xhamia, e shkatërruar në vitin 1967, përbëhej nga portiku, salla e lutjeve, minarja dhe kulla e sahatit në këndin verilindor të sallës. Portiku shtrihej në plan në anën veriore të sallës, rrethohej me arkada mbi kolona dhe mbulohej me çati druri. Portiku ngrihej mbi një bazament prej gurësh të gdhendur dhe kurorëzohej nga pllaka të profituar që dilnin dhe jashtë faqes së bazamentit. Arkada kishte pesë hapësira në anën veriore dhe nga dy në faqen lindore e perëndimore, duke pasur kështu gjashtë kolona dhe katër gjysmëkolona. Kolonat ishin prej një ose dy copash, prej guri të gdhendur dhe mbështeteshin mbi bazamente dhe përbëheshin nga vetë baza cilindrike dhe kalimet e lakuara për në kolonë. Mbi kolonat cilindrike dhe gjysmëkolonat në mure, kishte kapitele të zbukuruara në sipërfaqe me motive bimore. Mbi ta kalojnë tirande prej hekuri pllake. Mbi kapitelet kemi harqet prej guri të gdhendur. Gurë të tillë, në formë të një pilastri pak të dalë nga muri, kemi edhe mbi kolonat e qosheve.
Në portik hyhej nga porta që është brenda një portali me gurë të gdhendur të ngritur në veri të hapësirës së murit të arkadës veriore. Porta mbulohet me hark gjysmërrethi prej gurësh të gdhendur dhe rrethohet nga të tri anët me një kornizë të shkallëzuar, nëpërmjet gurëve me profile të lakuara. Në të dy anët kishte dy pilastra me bazamentet e tyre trungpiramide të përmbysur, që kurorëzohen me një arkitra horizontal dhe mbështetej në një arkadë treshe dhe përmbyllte tri nike, ku qendrorja ishte më e madhja. Portali shquhej për larminë e formave, për modelimin e pastër e me përpjesëtime të gjetura, duke u bërë një element qendror i paraqitjes së xhamisë. Pjesët ndërmjet elementëve të gdhendur në muraturën mbi arkadën e portikut ishin të suvatuara dhe të pikturuara.
Pjesa që lidhte portën në portik me atë që të fuste në sallën e lutjeve, ishte në nivel më të ulët, në formën e një korridori. Porta për në sallë ishte gjithashtu mbuluar me hark gjysmërrethi të dyfishtë, i shkallëzuar prej gurësh të gdhendur dhe që mbështetet mbi dy gurë të dalë konsol ndaj shpatullave prej gurësh të gdhendur. Porta përfshihej në një portal që kufizohej nga një bordurë e hollë gurësh të profiluar dhe mbulohej me hark të njëjtë gjysmërrethor. Fusha brenda tij dhe portës ishte e punuar me gurë të skuadruar dhe në qendër kishte mbishkrimin ndërtimor, të gdhendur në dy pllaka të veçanta. Anash portës ishin dhe dy dritaret mbuluar me hark gjysmërrethor dhe me të njëjtën mënyrë pune e zbukurimi. Të gjitha këto janë përfshirë në strukturën zbukuruese të murit verior të portikut, të realizuar në pikturë murale me motive bimore.
Në brendësi të sallës së lutjeve, përballë hyrjes, ishte mihrabi me prerje gjysmërrethore dhe me stalaktite në pjesën e sipërme, zbukurime me motive bimore, që vijnë nga lart-poshtë në tre shkallëzime. Nikja në të tri anët ishte përfshirë brenda një bordure drejtkëndore. Anash mihrabit ishte minberi me struktura të drunjta. Një mafil mbi dy shtylla druri, me ballkon të dalë në pjesën qendrore dhe në anët është menjëherë pas portës që të fut në sallë. Në të hipej nga një portë e ulët dhe e ngushtë që lidhej me minaren. Vëllimi kubik i sallës së lutjeve mbulohej me kupolë mbi trompa parabolike në qoshet, që mbeten, të palidhura me njëra-tjetrën, me harqe përgjatë faqeve anësore. Mbi trompat kishte një kornizë që ngushtonte bazën e kupolës dhe aty fillonte kupola e ndërtuar me gurë çmërsi.
Salla ndriçohej nga dritare të shumta, që, në faqet jugore, lindore e perëndimore, janë nga pesë, të vendosura në tri radhë. Dritaret e poshtme janë më të gjera se të tjerat dhe të mbuluara me hark gjysmërrethi prej gurësh të skuadruar, të futur pak në thellësi të murit. Dy dritaret mbi to mbulohen me hark fundlundre dhe po kështu dhe dritaret e sipërme, që janë pak më të vogla.
Në anën e jashtme vëllimi kubik përfundon me një kornizë horizontale, që qarkon ndërtesën në të katër faqet, pra pa pjesë më të ulëta në qoshe. Korniza është e ndërtuar me gurë të nxjerrë konsol ndaj murit tetëfaqesh, me një kornizë më të madhe mbi të cilën është mbulesa e kupolës. Në dallim nga xhamitë e tjera, xhamia e Peqinit ishte e ndërtuar në anën e jashtme me gurë të skuadruar në rreshta me lartësi të ndryshme dhe me fuga të holla të llaçit. Disa pllaka zbukuruese, me mbishkrime, ishin pranë dritareve të sipërme të faqeve jugore e perëndimore.
Një element me vlerë në këtë xhami ishte minarja e çiftëzuar me kullën e sahatit. Duhet shënuar, siç vëren Kiel, veçantia e ndërtimit të minares në anën e majtë të hyrjes, që ai e gjen edhe në xhaminë e Faik Pashës në Artë, të ndërtuar pak përpara vitit 1500. Bazamenti i minares ishte me prerje drejtkëndore dhe shkonte në lartësi deri në nivelin e kornizës së vëllimit kubik. Ai ishte i ndërtuar me gurë të skuadruar, me të njëjtën teknike si salla e lutjeve. Në trupin e tij ishte vendosur dhe pllaka zbukuruese me motive bimore, të stilizuara, të përafërta me ato që gjenden në xhaminë e Et'hem Beut. Pjesa kalimtare, trungkoni, për në trupin e minares ishte trajtuar me elegancë në motivin e trekëndëshave të thelluar, të përdorura në Kavajë e Tiranë. Mbi të vinte trupi i minares, i lartë e i hollë, duke u ngushtuar në lartësi dhe që përfundonte me kazanin, ballkoni i të cilit mbështetej në gurë të nxjerrë konsol ndaj trupit. Njëlloj në trupin ishte dhe pjesa mbi kazan me portën për në ballkon, mbuluar me hark fundlundre. Mjaft ngjasime me xhaminë e Et'hem Beut flasin për mundësinë që të dy objektet të jenë punë e të njëjtës atelie ndërtimore, që në Tiranë ka krijuar dhe vepra të tjera, si tyrbja e Kapllan Pashës dhe kulla e sahatit. Xhamia e Peqinit ishte një ndërtim i arritur në pikëpamje të arkitekturës, që shquhej për përpjesëtimet e veçanta të vëllimit dhe modelimin e secilës pjesë, për pastërtinë e trajtimit të faqeve, për siluetën e rreptë dhe njëherazi elegante.
Nga dokumentacioni historik dhe ai fotografik i udhëtarëve të huaj kemi dhe një të dhënë interesante. Bëhet fjalë për një xhami me kupolë të Durrësit që na e jep një foto e vitit 1862 e bërë nga shoqëruesit e Princit Albert të Wales. Eshtë një xhami jo e vogël dhe me trajtim e forma si xhamitë e tjera të vendit, me sallën e lutjeve mbuluar me kupolë dhe me portikë mbi shtylla druri në anën veriore. Në faqet jugore dhe perëndimore dritaret janë në tri breza, dy në të poshtmin, tri në të mesit dhe një sipër. Dritaret e poshtme janë mbuluar me arkitra të rrafshët ndërsa të tjerat me hark të mprehtë. Në pjesën e prapme të xhamisë duket se do të ketë qenë një var i ndonjë personi të rëndësishëm, në se gjykojmë nga portiku që e rrethon atë.