Kërkimet arkeologjike

 Më 1861 shkeli në Apoloni arkeologu i parë, francezi L. Heuzey, që botoi planin e qytetit antik dhe disa skulptura. Arkeologu austriak K. Patsch botoi objektet arkeologjike, që ruheshin në Manastirin e Shën Mërisë, ndërsa kolegu i tij C. Praschniker bëri gërmimet e mirëfillta arkeologjike më 1916-1918 dhe i botoi rezultatet e kërkimeve të tij pas Luftës së Parë Botërore. Një mision francez i drejtuar nga Leon Rey zhvilloi gërmime arkeologjike në Apoloni në vitet 1924- 1938 mbi bazën e një koncesioni nga qeveria mbretërore shqiptare. Rezultatet ishin mjaft premtuese me zbulimin e stoas, buleuterionit dhe më pas të odeonit dhe bibliotekës. Një koleksion i rëndësishëm qeramike u krijua nga gërmimet në nekropol. Gjatë Luftës së Dytë Botërore arkeologu italian C. Sestieri zbuloi ndërtesën e një gimnazi antik në jug të manastirit. Gërmimet sistematike rifilluan më 1947 nga një ekspeditë e Institutit të Shkencave e drejtuar nga Hasan Ceka, që zbuloi murin jugor të temenosit dhe gërmoi në nekropolin tumular dhe murin rrethues.

Më 1958 - 1960 një ekspeditë shqiptaro-ruse e drejtuar nga S. Islami, H. Ceka dhe V. Blavatski u dha një hov të vërtetë gërmimeve, duke zbuluar tempullin e Dianës në agora, një pjesë të murit rrethues, disa banesa dhe një rrugë të qytetit. Gjithashtu, u gërmua një tumë e madhe me 136 varre me inventar mjaft të pasur.

Pas largimit të rusëve më 1961, gërmimet u vazhduan nga H. Ceka, që zbuloi çezmën e madhe monumentale të qytetit. Më pas A. Mano dhe B. Dautaj filluan gërmimin e teatrit (1969 - 1982), ndërsa V. Dimo dhe L. Koço vazhduan gërmimet në nekropol dhe në murin rrethues. Në vitin 1981 u ngrit Muzeu Arkeologjik i Apolonisë në ambientet e Manastirit të Shën Mërisë.

Që nga viti 1992 një ekspeditë e përbashkët shqiptaro-franceze, e drejtuar nga N. Ceka nga Instituti Arkeologjik i Akademisë së Shkencave dhe P. Cabanes i Universitetit të Parisit, rifilloi gërmimet në agora, duke zbuluar një rrugë të gjerë, e cila futet në sheshin e temenosit nga perëndimi, si dhe murin mbështetës të një tarrace mbi të cilën ngrihej një tempull. Gërmimet u vazhduan pas 1994 nën drejtimin e B. Vrekës nga pala shqiptare dhe të J-L. Lamboley të Universitetit të Grenoblës, duke zbuluar një ndërtesë publike në perëndim të rrugës dhe një tempull të tipit romak mbi podium mbi tarracën në jug të saj.