Në defteret e regjistrimeve osmane të viteve 1551 e 1583, Margëlliçi të cilin burimet historike e vendosnin në Shqipëri (in Albania), paraqitej si një vendbanim i vogël brenda nahijes së Mazrekut, përkatësisht me 14 dhe me 10 shtëpi të krishtera. Por, vetëm disa vite më vonë, më 1588, në "kështjellën e re" të Margëlliçit, banonin shumë myslimanë dhe mbi 80 spahinj. Në Defterin e vitit 1551, Margëlliçi regjistrohet si has i Sanxhakbeut të Delvinës. Atë vit, Turqit e rindërtuan kështjellën, e cila ishte shkatërruar në vitin 1537.
Burimet, thuajse gjithmonë, e japin emrin e qytetit në formën Margariti. Por bën përshtypje, që në një rast, më 22 janar 1611, kur në Pargë regjistrohet dëshmia e një banori të fshatit Senishtë, Gjon Mekuli (Gioni Meculi), ky shënon midis vendeve që ishin prekur nga infeksioni i murtajës edhe Margëlliçin, emri i të cilit në atë rast jepet në formën shqipe të tij, Marghelici. Nga shek. XVI e deri në shek. XVIII, Margëlliçi varej nga Delvina.
Margëlliçi osman ishte antiteza e Pargës veneciane. Jo më kot, më 1556, me rastin e një konflikti midis dy bastioneve, qehajai i Sanxhakbeut të Delvinës, i deklaroi përfaqësuesve venecianë se "dy kështjellat, Margëlliçi e Parga, nuk mund të ekzistonin njëkohësisht në atë territor, ndaj njëra prej tyre duhej shkatërruar". Pas luftimeve që u zhvilluan në sterenë shqiptare dhe që pasuan betejën e njohur detare të Lepantos, më 1571, forcat veneciane shkatërruan kështjellën e Margëlliçit, duke siguruar një epërsi të dukshme ushtarake në këtë vend nevralgjik. Më 1 janar 1572, Sebastian Venier, me detyrën e Kapitenit të Përgjithshëm të Detit, ndërsa e informonte Senatin për shkatërrimin e kështjellës së Margëlliçit, nënvizonte rolin e ri strategjik që i takonte të luante Pargës si garante e sundimit venecian në stere dhe e kontrollit të trafiqeve detare dhe propozonte që kështjella në fjalë të fortifikohej sa më mirë.
Megjithatë, Turqit e ringritën kështjellën e Margëlliçit, kështu që midis saj dhe Pargës rifilloi seria e incidenteve. Shpeshherë objekte të sulmeve të Margëlliçiotëve ishin jo thjesht pronat, por edhe vetë banorët e Pargës. Në gusht 1620, Alam Beu zuri rob vetë kryepriftin e Pargës (protopapa), të cilin e lëshoi vetëm pasi mori 275 krosate për lirimin e tij.
Por, midis periudhave të konfliktit e të luftës, më të gjata ishin periudhat e paqes që zotëronin midis Margëlliçit osman dhe Pargës Veneciane. Në fund të fundit, marrjet dhe dhëniet midis Margëlliçiotëve dhe Parganjotëve kishin një rëndësi që shkonte përtej grindjeve e incidenteve të vazhdueshme. Tregtia e drithit dhe e bagëtisë ishte një konstante historike në marrëdhëniet midis këtyre dy komuniteteve.
Parga ushqehej nga hinterlandi i saj, që ishte nën juridiksionin e agallarëve të Margëlliçit, ndaj gjendej gjithnjë mjeti e rasti për të kapërcyer konfliktet e mosmarrëveshjet dhe për të rifilluar shkëmbimet e marrëdhëniet normale. Kështu, më 1568, Sanxhakbeu i Delvinës, Mahmud Bej Sgurolli nga Berati, e çmoi qëndrimin miqësor që mbajtën ndaj tij autoritetet veneciane, duke mos u ofruar strehim banorëve shqiptarë që atë vit kishin ngritur krye kundër pushtetit osman. Prandaj, ai urdhëroi vojvodën e Margëlliçit që t'u kthente menjëherë banorëve të Pargës e të Korfuzit sendet e rrëmbyera nga njerëzit e tij dhe të rifillonte tregtimin e produkteve ushqimore me Pargën.
Në Margëlliç kishte selinë një kadi (cadi de Margaritti). Paria e Margëlliçit përbëhej nga agallarët". Por këta vepronin shpesh me kokën e tyre dhe guxonin deri t'i kundërviheshin Portës (gente indomita ed intrattabile. Kështu thuhej më 1638 për Mustafa Agën dhe Piri Agën të cilët në krye të Margëlliçiotëve të tyre dëmtonin, plaçkisnin e shkatërronin mullinjtë, digjnin vreshtat e Parganjotëve, pavarësisht se Porta e Lartë kishte kërkuar ndëshkimin e tyre.