Në mjedisin katolik të qyteteve bregdetare kisha ortodokse e frymës serbe u forcua nën mbretërimin e Stefan Dushanit në gjysmën e parë të shekullit 14. Kështu të ardhurat e manastirit benediktin të Shën Shirgjit dhe kishave katolike në Danjë e anë lumit të Gjadrit iu dhuruan së bashku me manastinn ortodoks të Vranjinës të liqenit të Shkodrës, manastirit ortodoks të Shën Mihalit dhe Gabrielit të Jeruzalemit (1348). Kisha ortodokse e Shën Petrit në Shkodër u blatua gjithashtu nga mbretër serbë, ndër të tjera me të drejtat e peshkimit në Bunë, manastiri i Kryeengjëllit në Ulqin u përkrah nga Gjergji II Balsha. Kisha ortodokse përfaqësohej në Shkodër nga një metropolit (“metropolitanus grecus Judex ordinarius”) të caktuar nga kreu i kësaj kishe (“per patriarcham Sclauonie”)\ ky metropolit ushtronte pushtetin gjyqësor mbi gjithë kishat dhe manastiret ortodokse në hapësirën shkodrane. Edhe pse kisha ortodokse gëzonte mbështetjen e sundimtarëve të Zetës dhe të disa fisnikëve në bregun lindor të liqenit të Shkodrës, ishte pikërisht kjo yllësi që e vuri atë në gjen- dje të ngushtë gjatë luftërave në fillim të sundimit venedik. Se ç’rol u ishte caktuar atyre në komuna, këtë e ilustron gjendja e kishës ortodokse të Mihalit në Ulqin: ajo ndodhej jashtë mureve të qytetit. Megjithatë administratës venedike i duhej ta përfillte me vëmendje elementin ortodoks në fillim të shekullit 15, pasi ky ishte një kërcënim i përhershëm në krahinat afer qytetit.
Në përgjigje të sulmeve ortodokse sikurse shkatërrimi i kishës së Balezos dhe rrënimi i manastint benediktin të Shën Gjonit pranë Drishtit, katolikët nisën pas vdekjes së Stefan Dushanit (1355) një kundërsulm të fuqishëm: qysh më 1352 shfaqen dy legatë në përforcim të besimit katolik; u kthye veçanërisht në një bazë të fortë Durrësi anzhuin, ku dy herë (1359 e 1364) veproi predikuesi i famshëm Petër Thoma. Pas vitit 1350 u zhduk metropoliti ortodoks 1 qytetit, e nga ana tjetër erdhi këtu një arkipeshkv katolik. Vërtet që katolicizmi në jug nuk u shty më shumë se deri në Shkumbin, porse në veri ipeshkvitë e vogla të qytezave të provincës si Suacium, Balezo, Danjë, Sapë, Sardë dhe Shat, me gjithë varferinë e tyre relative, përjetuan një fazë të fundme pushimi përpara pushtirmt osman.