Me pushtimin francez të Egjiptit, Izet Mehmed Pasha u shkarkua nga posti i tij, dhe Valiu i Erzurumit, Jusuf Zija Pasha mori vendin e tij si Sadrazam. Në vitin 1798, Devleti Osman nënshkroi një traktat me Britaninë dhe Rusinë, kundër Francës, dhe në vitin 1799, anijet ruse iu bashkuan atyre osmane në Stamboll, nën drejtimin e Shermet Kapudanit. Së bashku ata rimorën nga Franca Xhezajir-i Seb'a (Shtatë Ishujt). Ali Pashë Tepelena (v.1822) rimori Prevezën, Pargën dhe dy kështjella të tjera në brigjet e detit Adriatik. Siç ishte rasti në Dubrovnik, në ata shtatë ishuj, u themelua një republikë nën vartësinë e Devletit Osman, të cilit i paguante një tagër prej 70.000 dukatesh çdo tre vjet.
Napoleon Bonaparti, që ishte bllokuar në Egjipt për shkak të dështimit të flotës së. tij, kontaktoi me (Sidney) Smith, admiralin e flotës britanike, dhe mori leje nga ai për të dërguar disa nga njerëzit e tij në Francë, duke e mashtruar në këtë mënyrë atë, pasi ai u largua vetë nga Egjipti me dy anije të vogla në Rebiul Ahir 1214/nëntor 1799 dhe mbërriti në Marsejë. Ai la në Egjipt, Gjeneral Kleberin, që kishte autorizimin për të nënshkruar një traktat me Britaninë, nëse asnjë përforcim nuk do të arrinte nga Franca brenda 6 muajve, sepse Napoleoni e dinte mjaft mirë se Franca mund të mos kishte mundësi të ruante pozicionin që kishte arritur në Egjipt, pa ndihmën e një flote të fuqishme.
Jusuf Zija Pasha mbërriti në Damask në krye të ushtrisë osmane, që gjatë rrugës ishte përforcuar dhe nga rekrutë të rinj. Ai rihapi ndaj Islamit el-Arishin, dhe pas kësaj, francezët vendosën të tërhiqeshin nga Egjipti. Kleberi, përfaqësuesit britanikë dhe një përfaqësues i Zija Pashait nënshkruan një marrëveshje në vitin 1801, që përcaktoi kiishtet për këtë tër-heqje. Në shkurt të vitit 1801, francezët filluan të tërhiqeshin, por admirali britanik, në të njëjtën ditë që ata duhej të zbraznin kështjellën, mori një direktivë të papritur nga Londra sipas të cilës francezët duhet të dorëzonin edhe armët e tyre. Kjo e zemëroi gjeneralin francez dhe ushtarët e tij, dhe për këtë arsye ata u hodhën në një sulm të befasishëm kimdër britanikëve. Por, përfundimisht, ata u mundën dhe u detyruan ta dorëzonin Egjiptin në 1801; dhe armët e tyre u ndanë midis osmanëve dhe britanikëve. Veziri Hysrev Pasha u caktua Vali i Egjiptit dhe Sadrazami Jusuf Zija Pasha u rikthye në Stamboll, duke lënë pas 10.000 ushtarë për të mbajtur nën kontroll çdo problem të mundshëm që mund të krijohej nga fisnikët memlukë. Pushtimi francez i Egjiptit, që zgjati vetëm për tre vjet, i kushtoi shtrenjtë Francës: 40.000-50.000 ushtarë dhe një flotë detare. Por, nga ana tjetër, pati dhe një ndikim të tmerrshëm mbi vetë Egjiptin dhe botën muslimane. Me kalimin e kohës, Egjipti u bë më i fuqishëm se vetë Devleti Osman, pasi ëgjiptianët nën sundimin e Muhammed Aliut dhe dinastisë së tij përvetësuan idetë dhe armatimet perëndimore.